Михаи?л Па?влович Ши?шкин родился в семье русского моряка-подводника, участника Великой Отечественной войны, награждённого двумя Орденами Красного Знамени и учительницы-украинки. Дед по отцу в 1930 году был объявлен подкулачником и в результате раскулачивания репрессирован и погиб на строительстве БАМа, бабушка Любовь Шишкина (умерла в 1993 году) бежала из деревни с двумя детьми и устроилась уборщицей под Москвой, старший брат отца Борис пропал без вести в 1941 году. В 2010 году Михаилу Шишкину удалось выяснилось, что дядя был расстрелян в немецком плену в 1942 году в результате ложного доноса, как еврей . Младший брат Павел Шишкин (1926—1995) пошёл на войну в семнадцать лет, чтобы отомстить за брата, после обучения воевал в 1944-1945 годах подводником, всю последующую жизнь был вынужден скрывать, что он — сын репрессированного.
Мать была парторгом в школе, когда разразился скандал с тогдашним школьником Владимиром Буковским, ей удалось сохранить работу благодаря декретному отпуску, впоследствии она стала завучем и директором. В этой же пятьдесят девятой школе учился и Михаил. Семья распалась ещё до рождения Михаила, первые годы жизни будущего писателя прошли в подвальной московской коммуналке в Староконюшенном переулке. Любовь Шишкина, бабушка по отцу, окончившая три класса церковно-приходской школы, тайно крестила ребёнка. Уже в школьном возрасте Михаил составил отрицательное мнение о Советской власти, сам занимался фотокопированием книг, напечатанных за границей («тамиздат»). Во времена Юрия Андропова мать была из школы уволена за то, что разрешила провести вечер памяти Владимира Высоцкого.
Михаил Шишкин какое-то время работал дворником, укладывал асфальт. Окончил романо-германский факультет Московского государственного педагогического института (1982). Работал три года в журнале «Ровесник», писал об искусстве, переводил с немецкого. Затем 5 лет школьным учителем в физико-математической школе № 444 города Москвы, где преподавал немецкий и английский языки.
Михаил Шишкин был женат дважды, имеет по сыну от обеих жён, оба раза брак продолжался семь лет. Первая жена — Ирина из России, вторая — Франческа Штёклин из Швейцарии, славистка по профессии, ей посвящён роман «Взятие Измаила». С рождения сына Константина в 1995 году писатель проживает в Швейцарии, в Цюрихе. Помимо литературного труда занимался переводами, давал уроки, преподавал в американском университете. В 2011 году Михаил Шишкин женился на Евгении Фролковой.
Михаил Шишкин любит классическую музыку, в качестве хобби играет в снукер (разновидность бильярда).
Проза Шишкина сочетает в себе лучшие черты русской и европейской литературных традиций, беря от Чехова, Бунина, Набокова богатство словаря, музыкальность и пластичность фразы, тонкий психологизм и естественный, недекларативный гражданский пафос, а от западных авторов в лице, прежде всего, Джойса и мастеров «нового романа» — принцип смены стилей и повествовательных инстанций внутри одного произведения, фрагментарность композиции, перенос центра тяжести текста с сообщения на язык, который по замечанию самого автора есть его тропинка к Богу. Во многих критических статьях отмечалось стилистическое сходство с Сашей Соколовым, особенно в романе «Венерин волос ». В интервью автор называл в качестве источников вдохновения прозу Александра Гольдштейна, а вне литературы — Андрея Тарковского и Альфреда Шнитке.
Характерной особенностью прозы Шишкина являеется своебразное использование хронотопа: полифоническое использование места и времени. Различные линие не ролько происходят параллельно, но и временные рамки размыты. По определению самого писателя указать рамки действия трудно: «оно происходит всегда и везде». Автор сшивает различные модусы в единый «пазл» и создаёт «роман-ковчег», причём спасение мира происходит через воскрешение языка.
Книги содержат довольно много деталей жизни самого писателя, особенно во романах «Взятие Измаила» и «Венерин волос» : детство в Староконюшенном, отец моряк-подводник, брат в местах заключения, брак с швейцаркой, у которой погиб первый муж, рождение сына в Швейцарии от Франчески, работа переводчиком для претендентов на статус беженцев и др. В книгах встречаются множество аллюзий к любимым писателям Шишкина или даже невыделенные цитаты, особенно во «Взятии Измаила».
Михаил Шишкин пишет примерно одну книгу в пять лет, причём период ожидания вдохновения бывает, по его собственным словам довольно мучительным. Такой четырёхлетний период ожидания был после выхода «Венериного волоса», после чего возникла идея «Письмовника», написанного всего за год. Книги Шишкина переводились или переводятся в настоящий момент на четырнадцать языков.