Родился в казачьей семье, окончил Полоцкий кадетский корпус, а затем Третье Александровское военное училище. Военную службу проходил в 1-м артиллерийском мортирном полку. С 10 августа 1890 — подпоручик; с 10 августа 1894 — поручик; с 19 июля 1898 — штабс-капитан.
В начале 1904 года в чине ротмистра перешёл на службу в Отдельный корпус жандармов. Сразу же после окончании курсов при Штабе корпуса, в мае 1904 г., Комиссаров получает назначение в Санкт-Петербургское ГЖУ, а уже в августе откомандирован в Департамент полиции жандармским офицером-розыскником, где совместно с чиновником особых поручений И. Ф. Манасевичем-Мануйловым возглавил образованное при Департаменте полиции Секретное отделение по наблюдению за иностранными посольствами и военными агентами. Выдвижение его на этот ответственный пост нельзя назвать случайным: представительная внешность и знание иностранных языков (важное достоинство при работе с иностранной агентурой) совмещалась в нём с отличными организаторскими способностями и гибким умом математика-шахматиста. Вероятно, свою роль сыграло также и то, что Комиссарова практически не знали в Петербурге как жандармского офицера, что минимизировало вероятность его расшифровки.
Работа по расшифровке дипломатической переписки иностранных посольств была организована исключительно конспиративно (малейшая неудача могла вызвать европейский скандал) и была чрезвычайно сложной. Впоследствии, отвечая на вопросы Чрезвычайной следственной комиссии Временного правительства, Комиссаров так охарактеризовал результаты этой деятельности:
Все документы, получаемые от агентов, доставлялись ночью к Комиссарову, жившему в конспиративной квартире под именем иностранца. Там их фотографировали и наутро уносили в Департамент полиции, поскольку Комиссаров опасался внезапного обыска по требованию какого-либо посольства. По линии МВД императору ежедневно посылались один-два доклада на основании контролируемой переписки. Так, известно, что во время заключения Портсмутского мира отделение Комиссарова узнавало американские условия раньше, чем посол США в Санкт-Петербурге.
За работу в секретном бюро Комиссарову присвоили звание подполковника Корпуса жандармов, и в этом звании уже в апреле 1908 г. он принимает участие в I съезде начальников районных охранных отделений (по должности помощника начальника Петербургского охранного (Северного районного) отделения).
Среди других «деликатных» мероприятий Департамента полиции, за которые отвечал Комиссаров в этот период, следует отметить печатание погромных антисемитских прокламаций, осуществлявшееся в тайной типографии Департамента.
В 1909—1915 гг. Комиссаров сменил посты начальника Енисейского, Пермского, Саратовского, Вятского ГЖУ. В октябре 1915 г. назначен начальником Варшавского ГЖУ (фактически уже не существовавшего, в связи с тем, что русские войска оставили Варшаву). Вернувшись в Петроград, Комиссаров становится помощником начальника петербургского охранного отделения и вновь получает секретную работу — заведовать охраной Григория Распутина. В результате различных интриг вокруг Распутина (а именно, после фактического отказа выполнить поручение министра внутренних дел А. Н. Хвостова организовать убийство Распутина и последовавшего за тем скандала), в марте 1916 г. Комиссаров оказывается отстранён от его охраны и получает назначение градоначальником в Ростове-на-Дону. В августе того же года уволен в отставку в чине генерал-майора по артиллерии.
После Февральской революции был арестован, находился в заключении сначала в Петропавловской крепости, а затем на гаупвахте, устроенной в бывшем помещении штаба Отдельного корпуса жандармов на Фурштадтской улице, № 40 . Допрашивался Чрезвычайной следственной комиссией. Находясь в заключении Комиссаров свёл знакомство в большевиками, оказавшимися в тюрьме после их июльского выступления. Когда большевики были освобождены, они попросили министра юстиции Временного правительства социалиста Малянтовича освободить и Комиссарова.
В 1920 году Комиссаров отправился в Германию, где выдавал себя за представителя генерала Врангеля. Он обманул нескольких баварских монархистов, сообщив им, что Врангель хочет создать единый фронт с Германией. Поехав с баварцами якобы в Крым к Врангелю и получив от них под фальшивым предлогом 100 000 марок, Комиссаров отстал от них в Будапеште. Баварских же монархистов, которые всё-таки добрались до Крыма, Врангель принять отказался, так как он никогда не давал Комиссарову никаких поручений.
В 1922 году Комиссаров работал в интересах советов в Болгарии, где по его совету и наущению болгарским правительством Стамболийского были проведены аресты военных-белоэмигрантов.
Уже находясь в эмиграции, Комиссаров был приглашён заграничной резидентурой ГПУ в качестве секретного сотрудника для организации широкой кампании по дезинформации и дискредитации монархического движения, став одним из главных теоретиков постановки такой работы. Только после раскрытия белыми эмигрантами его неблаговидной роли, Комиссарову и его помощнику Чайкину пришлось уехать из Европы в Америку с теми же заданиями.
Находясь в США, Комиссаров публикует в 1930 году воспоминания. Скончался в Чикаго 20 октября 1933 года, попав под трамвай.
В 2007 г. вышел российский фильм «Заговор», в котором М. Комиссаров (по ошибке с отчеством Семёнович) представлен высоконравственным патриотом. Исполнителем роли Комиссарова стал Григорий Антипенко.
Считается, что Комиссаров не пользовался особым расположением у коллег по Отдельному корпусу жандармов, которые затем вспоминали, что это был «совершенно беспринципный человек, способный на что угодно, вплоть до убийства мешавшего ему по каким-либо причинам человека, пьяница, развратник, наглец и провокатор…». Историки приводят также различные слухи, ходившие в то время о Комиссарове: например, что он увел жену своего начальника, генерала А. В. Герасимова (в бытность того начальником Санкт-Петербургского охранного отделения), и женился на ней. Служивший в Перми под началом Комиссарова офицер Отдельного корпуса жандармов Н. А. Кравец оставил в своих воспоминаниях следующее описание внешности Комиссарова: «…Высокий, полный, с красным лицом и серыми глазами, бегающими под синеватыми очками». По другим свидетельствам, Комиссаров был «высокий здоровенный мужчина с красным лицом и рыжей бородой — настоящий Стенька Разин».
Однако подобные характеристики вполне могли быть и следствием выражения зависти к более удачливому и талантливому коллеге, быстро сделавшему служебную карьеру и к 30 годам ставшему полковником. Известно, что несмотря на такие отзывы, никто не отказывал ему в храбрости и личном мужестве при проведении сложных контртеррористических операций.