В 1829 году был министром финансов в русской гражданской администрации в Дунайских княжествах, возглавлявшейся графом П. Д. Киселёвым.
В 1834 году была прекращена оккупация Молдавии русскими войсками, Стурдза был выбран молдавским господарем и утвержден Россией и Турцией.
В 1839 году, во время крестьянского восстания во главе с Василием Поповичем, быстро и не останавливаясь перед крайними мерами подавил эту вспышку.
Михаил Стурдза сохранял власть до 1849 года. Выражал интересы верхушки боярства, сосредоточившей в своих руках управление княжеством. Он опирался на Россию, отличался крайним произволом в управлении и сурово подавлял крестьянские бунты и оппозиционное движение либеральных кругов боярства (особенно усилившееся в 1848).
Основал первую высшую школу в Яссах, куда пригласил иностранных преподавателей.
В 1844 году издал указ об освобождении цыган-рабов, которые принадлежали церкви или частным землевладельцам и свободно продавались на рынке. В 1848 году без кровопролития подавил революцию, арестовав и выслав из страны всех заговорщиков.
Во время его правления Молдавское княжество значительно развилось в экономическом плане.