Больше всего известен своей работой в московской «Дине» и сборной России по мини-футболу. Заслуженный тренер России. В недавнем прошлом работал главным тренером мини-футбольного клуба «Мытищи».
Бондарев начинал свою футбольную карьеру в московском «Спартаке». Уже в 18 лет он играл в основном составе. Однако затем он был призван в армию и таким образом оказался в ЦСКА. Проведя в его составе один сезон, Михаил отправился в Ташкент помогать в возрождении «Пактахора», потерявшего большую часть своих игроков в трагической авиакатастрофе. После узбекской команды он играл в самарских «Крыльях Советов», челябинском «Локомотиве» и красногорском «Зорком», а в 1986 году принял решение о завершении игровой карьеры.
В 1992 году Бондарева пригласили возглавить молодёжную команду московского мини-футбольного клуба «Дина», называвшуюся «Дина-МАБ» и выступавшую в Высшей Лиге. Выиграв с ней серебряные награды, следующий сезон он начал в качестве тренера основной команды, а сезон 1996/97 — в качестве её главного тренера. Бондарев стал одним из символов золотого десятилетия московской «Дины», при нём команда стала трёхкратным победителем Турнира Европейских Чемпионов по мини-футболу и обладателем Межконтинентального Кубка по мини-футболу, семь раз выигрывала чемпионат России и пять раз — кубок России.
В 1999 году Бондарев был назначен старшим тренером сборной России по мини-футболу, и именно он привёл российскую сборную к главному успеху в своей истории — победе на чемпионате Европы по мини-футболу 1999 года. На чемпионате мира 2000 года россияне стали четвёртыми, а на чемпионате Европы 2001 года — третьими. Эти результаты Бондарев расценил как неудачу и принял решение покинуть сборную.
В 2001 году Бондарев покинул и «Дину». В 2002 году он принимал участие в создании мини-футбольного клуба «Мытищи» и в течение восьми лет являлся его главным тренером. Под его руководством команда выполнила задачу выхода в Суперлигу.
В качестве тренера московской «Дины»
В качестве тренера сборной России по мини-футболу