Михаил Васильевич закончил Московскую духовную академию, а затем самостоятельно изучил несколько восточных языков и ассирийскую клинопись. Издал около 900 шумерских табличек и корпус ассирийских текстов, одним из первых пытался сопоставить шумерское пиктографическое и клинописное письмо. Участвовал в экспедиции Российского археологического общества в Закавказье в 1893 году, во время которой внёс существенный вклад в изучение Урарту. Преподавал иврит и ассириологию в Московском университете. Михаил Васильевич на долгое время вынужден был оставить университет из-за претензий консерваторов к его взглядам. Тем не менее, в 1908 году заслужил всеобщее научное признание и степень доктора наук «гонорис кауза» в Петербургском университете.