Вопреки одной из популярных одесских легенд Водяной не был коренным одесситом. Он родился в Харькове 23 декабря 1924 года, был вторым ребенком в обеспеченной семье начальника по снабжению и домохозяйки .
В 1938 году семья переезжает в Кисловодск.
В 1941 году Михаил поступил сразу на 2-й курс актёрского факультета Ленинградского театрального института, где проучился до 1943 года. Во время войны институт был эвакуирован в Томск.
Актёр Пятигорского театра (1943—1945), Львовского театра оперетты (1945—1953), который позже переехал в Одессу и стал Одесским (с 1954) театром музыкальной комедии.
В 1952 женился на актрисе Маргарите Дёминой, с которой прожил 35 лет . Они вместе исполняли ведущие партии в спектаклях, вместе гастролировали с концертными программами.
В 1972 году избран председателем правления Одесского межобластного отделения Украинского театрального общества.
В 1976 году Михаил Водяной стал первым артистом оперетты, получившим звание народного артиста СССР .
В 1979—1983 — одновременно художественный руководитель и директор Одесского театра музыкальной комедии.
Благодаря энергии и авторитету Михаила Водяного в Одессе было построено современное здание театра, куда и переехала оперетта (ул. Пантелеймоновская, 3). По инициативе Михаила Григорьевича в Одессе появилась улица Утёсова .
В 1979-м Михаил Водяной стал художественным руководителем и директором театра Музкомедии, сменив известного режиссёра Матвея Ошеровского, занимавшего эту должность с 1962 по 1977 годы . Народная артистка Украины Людмила Сатосова в своём интервью говорит, что инициатором снятия М. Ошеровского был Михаил Водяной . Этот факт нашёл своё отражение в рассказе Георгия Голубенко «Трагедия в лёгком жанре».
В 1986 году в театре, в местной прессе, а затем и в «Литературной газете» развернулась травля артиста. По городу стали ходить разные слухи . В отношении Михаила Григорьевича было возбуждено уголовное дело по статье 121 Уголовного кодекса УССР за развращение не достигших 16 лет .
Здоровье Водяного было сильно подорвано: артист пережил три инфаркта . 11 сентября 1987 года Михаил Водяной умер. Уголовное дело закрыли по ст. 6 п. 8 Уголовно-процессуального кодекса УССР — в связи со смертью обвиняемого. Дело было закрыто по нереабилитирующим обстоятельствам: в постановлении следователя прокуратуры о прекращении производства по уголовному делу точно указано, какие именно уголовные деяния М. Вассермана были установлены следствием .
Об этом громком скандале с горькой иронией говорится в статье «Шалунишка» из «Большого полутолкового словаря одесского языка»:
Михаил Григорьевич скончался от сердечного приступа в возрасте 62 лет . Он похоронен в Одессе, на 2-м Христианском кладбище. При участии вдовы Михаила Григорьевича, народной артистки Украины Маргариты Дёминой, артисту воздвигнут необычный памятник .
По воспоминаниям примы Одесской музкомедии, народной артистки Украины Людмилы Сатосовой, «смерть этого жизнерадостного человека стала настоящей трагедией для всей страны. Плакали все — от мала до велика… Овдовевшая Мара [Маргарита Дёмина. — прим. ред.] тяжело перенесла эту утрату, и опереться ей было, в общем-то, не на кого: детей у них с Мишей не было» .
В Одесском театре музыкальной комедии в память артиста регулярно дают спектакль «Бал в честь короля», который также продолжает уже многие годы пользоваться популярностью . В эту постановку вошли сцены из спектаклей, в которых блистал когда-то Король оперетты.
Леонид Утёсов называл Водяного полпредом Одессы в Москве .
Готовя роль Яшки Буксира для кинофильма «Белая акация» (по оперетте И. О. Дунаевского), Водяной никак не мог подобрать костюм для своего персонажа-щёголя. Однажды на улице Дерибасовской Водяной увидел не очень молодого мужчину, одетого в экзотическую рубашку с пальмами, и попросил того продать её. Одессит отказался брать с артиста деньги и подарил Михаилу Водяному яркий «прикид».
К 75-летию артиста вышла книга профессора Валентина Максименко «Имя: Михаил Водяной». Автор-составитель включил в книгу свои беседы с Михаилом Григорьевичем, воспоминания об артисте, цитаты из статей известных критиков и журналистов СССР .
23 декабря 2009, в день рождения М. Г. Водяного, была представлена книга Александра Грабовского «Михаил Водяной. Очерк жизни и творчества», выпущенная к 85-летнему юбилею Мастера. Идея проекта принадлежит Михаилу Пойзнеру и Александру Грабовскому.