Автор около 30 книг и 400 статей, посвященных теории относительности, квантовой механике, космологии, философии и истории науки, геометрическим методам в релятивистской физике. Один из вопросов, которыми занимался Хеллер, звучит так: «Нужна ли Вселенной причина?».
Отец Михала Хеллера, Казимеж Хеллер, вынужден был вместе с семьей бежать от немецкой оккупации Польши. На короткое время они поселились во Львове, но уже в 1940 году были высланы в Якутскую область в трудовой лагерь. После освобождения из лагеря жили в городе Алдан. Позднее, в 1944 году, в результате высылки российских немцев из Поволжья, семья Хеллеров оказалась в колхозе Урбах под Саратовом. Именно там Михал Хеллер закончил второй и третий класс начальной школы. Семья смогла возвратиться в Польшу лишь в 1946 году.
В 1959 году — окончил семинарию. В 1965 году — в Католическом университете в Люблине стал магистром философии, защитив диссертацию о философских аспектах теории относительности. В 1966 году за диссертацию по релятивистской космологии получил степень доктора философии. Работал в Институте астрофизики и геофизики в Католическом университете в Бельгии, в Институте астрофизики в Оксфордском университете, на отделении астрофизики в университете Лестера, в обсерватории Ватикана и других учреждениях.
Апрель 2000 года — участник «Суда над XX веком» в Кракове.
Март 2008 года — лауреат Темплтоновской премии. Об этом событии Михал Хеллер дал интервью «Российской газете» 29 марта 2008 года.