Михал Мертиняк начал играть в теннис в семилетнем возрасте. В мае 1998 года в Кошице провёл свой первый матч в профессиональном турнире в парном разряде, а год спустя в Тельфсе в одиночном. За 2000 год поднялся в рейтинге на 700 мест в одиночном разряде и на 360 в парах, где выиграл два турнира класса ITF Futures в Каире и Чандигархе. К концу следующего сезона находился в рейтинге в обоих разрядах на границе четвёртой и пятой твёртой сотни. В 2003 году в Белгауме (Индия) выиграл свой первый турнир уровня ATP Challenger в парном разряде, а в одиночном дважды за год доходил до финала и в итоге закончил сезон во второй сотне в обоих разрядах.
В апреле 2004 года Мертиняк провёл свои первые матчи за сборную Словакии в Кубке Дэвиса против команды ЮАР, выиграв в парах и проиграв в одиночном разряде; в августе в Бухаре выиграл первый «челленджер» в одиночном разряде, а в парах выиграл за год два таких турнира.
Начав 2005 год с выступлений в «челленджерах», Мертиняк, находившийся в рейтинге игроков в парном разряде за пределами первой сотни, со своим соотечественником Домиником Грбатым неожиданно вышел в четвертьфинал Уимблдонского турнира, победив уже в первом круге одну из посеянных пар. Этот успех поднял его на 87 место в рейтинге, а вскоре он на Открытом чемпионате Хорватии, где его партнёром был Давид Шкох, впервые в карьере вышел в финал турнира АТР. Но главный успех в этом году был ещё впереди: выиграв за сезон пять матчей в одиночном и парном разряде, он со сборной дошёл до финала Кубка Дэвиса, где словаки уступили хорватам.
В январе 2006 года Мертиняк с партнёрами из Чехии выиграл два своих первых турнира АТР в Ченнае и Загребе и вошёл в число 50 лучших теннисистов мира в парном разряде. Место в Top-50 ему удалось сохранить до конца сезона. В одиночном разряде он всё ещё играл в «челленджерах» и то опускался в третью сотню рейтинга, то возвращался во вторую. 2007 год он начал с «челленджеров» и в парном разряде, но в июле дошёл до полуфинала в турнире АТР в Амерсфорте, потом победил в Умаге, а в сентябре в Бухаресте. В 2008 году он также выступал то в турнирах АТР, то в «челленджерах», выиграв по одному турниру ATP с Оливером Марахом и Петром Палой.
С начала 2009 года партнёром Мертиняка стал чех Франтишек Чермак. Этот союз оказался удачным: за год пара семь раз играла в финалах турниров АТР, пять из них выиграла и получила право на участие в финальном турнире АТР-тура, где, победив на групповом этапе первую пару мира — Ненада Зимоньича и Даниэля Нестора, — дошла до полуфинала. В 2010 году сотрудничество с Чермаком было продолжено, но уже не столь успешно: только в октябре они сумели в первый раз за сезон выиграть турнир АТР, хотя до этого дважды выходили в финал; лучшим их результатом помимо этого стало попадание в полуфинал турнира АТР Мастерс в Торонто, где они в четвертьфинале снова обыграли Зимоньича и Нестора, и турнира АТР Мастерс в Париже.
В первой половине сезона 2011 года партнёром расставшегося с Чермаком Мертиняка стал ветеран Марк Ноулз с Багам, бывшая первая ракетка мира. В феврале они дважды подряд дошли до полуфинала на турнирах АТР в США, но развития эта тенденция не получила, и после поражения в первом круге на Roland Garros пара распалась. С июля до конца года Мертиняк провёл всего 14 матчей, из них половину — в «челленджерах», где один раз сумел дойти до финала, но тем не менее закончил год в числе ста сильнейших теннисистов мира в парном разряде.