С 1991 года - ректор Сибирского государственного университета физической культуры и спорта.
В.И. Михалев работает в СибГУФК с 1974 года, где он прошёл путь от преподавателя до ректора ВУЗа. Работал старшим преподавателем, доцентом, заведующим кафедрой, затем деканом, а впоследствии стал проректором по учебной работе.
Впервые был выбран ректором Университета (в то время - еще института ОГИФК) в 1991 г. и по настоящее время является руководителем этого образовательного учреждения
Кроме того, является профессором кафедры теории и методики лыжного спорта.
Осуществляет подготовку научных кадров, руководит аспирантами, докторантами и соискателями. Председатель диссертационного совета.
Ведет большую общественную работу, являясь Президентом Сибирской Олимпийской академии.
Опубликовал более 100 научных работ, в том числе: монографию «Управление сферой спорта на межрегиональном уровне» (1998); учебные пособия «Средства специальной тренировки в подготовке лыжников – гонщиков» (1983), «Планирование физкультурного образования в общеобразовательной школе» (1994), «Подготовка умственно отсталых лиц к соревнованиям по лыжным гонкам по программе Special Olympics» (1994), «Физическое состояние умственно отсталых школьников» (1996) и др.