Якобсен начал играть в футбол в молодёжных командах клубов «Б 1908» и «Б 93», выступавших в Первом дивизионе Дании. Дебютировал на профессиональном уровне в 2002 году в «Б 93», тогда же сыграл несколько матчей за юношеские сборные Дании различных возрастов. По итогам 2002 года был назван лучшим игроком Дании в возрасте до 17 лет. Был замечен селекционерами ПСВ, и летом 2003 года Якобсен дебютировал в системе молодёжных команд нидерландского клуба. В первой команде ПСВ ему удалось сыграть лишь 10 минут, и в мае 2004 года Якобсен перестал вызываться в юношескую сборную Дании (до 19 лет).
В феврале 2005 года Микаэль Якобсен покинул ПСВ и вернулся в Данию, где подписал контракт с «Ольборгом», проявив себя как крепкий защитник с хорошим пасом. Провёл в Суперлиге все 15 матчей второй половины сезона. Был снова вызван в юношескую, а в июне 2005 года — и в молодёжную сборную страны. 9 месяцев спустя условия его контракта были улучшены.
В мае 2006 года Якобсен со сборной Дании поехал на молодёжный чемпионат Европы, где провёл 3 матча. В сезоне 2006/07 Микаэль провёл в Суперлиге 32 матча из 33, а «Ольборг» после 8-летнего перерыва оказался в тройке призёров. В следующем сезоне датской Суперлиги Якобсен сыграл важную роль в завоевании «Ольборгом» чемпионского титула.
Выступления Якобсена в групповом турнире Лиги чемпионов 2008/09, в том числе гол в ворота «Манчестер Юнайтед», привлекли к нему внимание нескольких клубов английской Премьер-лиги, а также Бундеслиги. Однако, Якобсен в декабре 2008 года заключил новое соглашение с «Ольборгом», рассчитанное на 3,5 сезона.
Летом 2010 года Микаэль Якобсен стал игроком испанской «Альмерии». Дебютировал за новый клуб 29 августа 2010 года в гостевом поединке с «Осасуной».