Сезон 2009/2010 он провёл в аренде в «Атлетике», где хорошо себя проявил и завоевал постоянное место в первой команде. Баскский клуб имел договорённость с «Ливерпулем» о том, что получит возможность до 31 июля 2010 выкупить контракт игрока за 3 миллиона евро. 19 мая было объявлено о том, что клубы договорились, и Сан-Хосе переходит в «Атлетик» на постоянной основе.
Сан Хосе за «Атлетик» в сезоне 2009/10 забил 1 гол, а также 2 гола в розыгрыше Лиги Европы.