Мики Фудзимото начала свою карьеру в 2002 году как сольный исполнитель в Hello! Project. В октябре 2002 году продюсер Цунку объединяет Мики вместе с двумя другими участницами Hello! Project Аей Мацурой и Маки Гото в группу «Gomattou». Группа выпустила один сингл «SHALL WE LOVE?».
После успешного выступления в предновогодней программе «Kohaku Uta Gassen» продюсер сделал неожиданное заявение, что в 2003 году Мики войдет в состав Morning Musume, как часть шестого поколения исполнителей. В этом же году Мики была принята в состав группы «Country Musume» вместе с Асами Конно. Также в разные годы Мики состояла в группах Odoru 11, 11 Water, H.P. All Stars и «Sexy Otonajan».
В 2003 году, когда Morning Musume была поделена на две подгруппы, чтобы группа могла совершать поездки по большему количеству городов, Мики перешла в подгруппу «Morning Musume Otomegumi».
С февраля 2004 года Мики входит в состав спортивной команды Gatas Brilhantes H.P. по футзалу.
После неожиданного ухода лидера группы Morning Musume Мари Ягучи в апреле 2005 года Мики становится сублидером группы, поддерживающей Хитоми Ёсидзава как нового лидера.
15 июня 2006 года Мики Фудзимото и Айа Матсура заявили, что они образуют новый дуэт в Hello! Project — «GAM». Название образовано от первых букв «Great Aya and Miki» (Великолепная Айа и Мики). Их дебютный сингл «Thanks!» вышел 13 сентября 2006 года
6 мая 2007 г. на концерте Morning Musume состоялся «выпуск» лидера группы Хитоми Ёсидзава, а новым лидером самой популярной в Японии гёрл-группы стала Мики Фудзимото.
1 июня 2007 года Мики была исключена из состава группы Morning Musume.
Группы Hello! Project, в которых состоит Мики:
Подгруппы:
Входила в состав групп: