Родился в крестьянской семье в русинском селе Куров. Среднее образование получил в Бардейове и Прешове. Закончил Карлов университет в Праге, отделение фольклористики. В 1960 году после окончания университета начал работать в Прешовском университете. Позже поступил в аспирантуру в Киевском университете, но был выслан из СССР за контакты с диссидентами. В 1967 году защитил диссертацию в Праге. В 1971 году за контакты с диссидентами был уволен и его работы были запрещены. Вынужден был в течение пяти лет работать пастухом в колхозе: с ранней весны до поздней осени жил в хижине далеко от села, отвечая за выпас 150—200 голов скота, а в течение следующих 15 лет он работал кочегаром Пряшевской городской котельной. Эти годы он считает наиболее плодотворным периодом своей научной деятельности: «В пастушей землянке и котельной у меня был покой и море свободного времени. Мои книги выходили в Канаде, США, Франции, Германии, Югославии».
В 1990 был реабилитирован и вернулся в Прешовский университет. В 1992 стал доктором наук Украинской Академии Наук. В 1997 стал академиком Украинской Академии Наук.
Микола Мушинка специализируется на лемковской фольклористике и фольклористике русинов Воеводины.