Свою футбольную карьеру Милан начал в клубе из своего родного города «Борац», за который отыграл два сезона и забил один мяч в 26 матчах. На родине также выступал за клубы «Младост» из Лучани, «Железник» и «Раднички» из Нови-Београда. В 2004 году уехал за границу в румынский «Васлуй», за который провёл лишь 9 матчей и забил 2 мяча. После «Васлуя» Йованович перешёл в «Университатю» из Крайовы. Однако в новом клубе играл мало и в 2005 году игрок вернулся на родину, где отыграл один сезон за клуб из Первой лиги «Раднички» из города Ниш. В 2006 году вернулся обратно в Румынию, где выступал за «Унирю» из Урзичени и «Университатю» из Клужа. 8 июня 2009 года Милан перешёл в венский «Рапид», за который выступал до 2010 года. 5 августа 2010 года Йованович подписал трехлетний контракт с российским клубом «Спартак-Нальчик». В новом клубе дебютировал 14 августа в победном матче против «Сибири». Первый гол за «Спартак-Нальчик» Милан забил 28 августа в домашнем матче против «Рубина», поразив ворота Рыжикова с 70 метров.
В национальной сборной дебютировал 24 марта 2007 года в товарищеском матче против Венгрии.
Итого: 29 матчей / 0 голов; 14 побед, 5 ничьи, 10 поражений.
(откорректировано по состоянию на 1 марта 2012 года)