Изучала языки хинди, урду и бенгали в Карловом университете в Праге. Работала в литературной редакции Чехословацкого радио (cs:?eskoslovensk? rozhlas), в отделении ориенталистики и в отделении философии и социологии Академии наук Чехословакии.
Не имея возможности поехать в Индию для практики изученных ей языков, заинтересовалась жизнью цыган, язык которых также относился к индоарийским. Заинтересовалась цыганским языком и культурой и стала защищать права цыган, которых официально преследовали в Чехии и Словакии вплоть до падения коммунистического режима (а неофициально негативное отношение сохраняется до сих пор). В 1968 г. основала Цыганское общество ЧССР (чеш. Svaz Cik?n?-Rom?) и журнал на цыганском языке Romano D?aniben, главным редактором которого стала. И журнал, и общество были закрыты в 1973 году. Полгода прожила в цыганском таборе в Словакии. В 1976 г. по её инициативе в Государственной языковой школе в Праге началось преподавание цыганского языка. В 1991 году добилась открытия отделения изучения цыган (ромистики) на философском факультете Карлова университета.
Погибла в автокатастрофе в ЮАР.
В честь Милены Хюбшмановой названа премия по цыганоязычной литературе, действующая на территории Чехии и Словакии.