Воспитанник молодёжных команд «Обилич» и «ОФК». За главную команду «ОФК» дебютировал в 1994 году. В общей сложности за «ОФК» Милорад отыграл 6 сезонов, сыграл 103 матча и забил 12 мячей. С 1999 по 2001 год выступал за «Партизан», в составе которого стал обладателем Кубка Югославии в 2001 году. После короткого возвращения в «ОФК» в сезоне 2001-02 Пекович уехал в Германию где выступал за клубы «Айнтрахт» из Трира и «Майнц 05». С января 2010 года игрок «Гройтера». В новом клубе дебютировал 22 января в матче против Франкфурта.
Итого: 21 матчей / 0 голов; 7 побед, 7 ничьих, 7 поражений.
(откорректировано по состоянию на 12 октября 2010)