Генеральный секретарь ЦК КПЧ с 1987 по 1989 (сменил на этом посту Густава Гусака). Хотя на словах поддержал перестройку в СССР, в реальности не предпринял никаких шагов к реформированию политической системы в ЧССР. Получил анекдотическую известность за свою речь, произнесённую незадолго до отставки: в ней он жаловался, что артисты эстрады зарабатывают больше, чем кадровые партийцы, и в частности, чем он сам.
Ушёл в отставку в конце ноября 1989 года в результате так называемой бархатной революции. Его преемником на посту Генерального секретаря ЦК КПЧ стал Карел Урбанек. Уже в декабре 1989 года М.Якеш был исключён из КПЧ.