Родился в деревне д. Биштяки Уфимского уезда, Уфимской губернии.
После смерти матери, в 14 лет уходит в город, работает матросом парохода «Урал» в Уфимском пароходстве.
Участвовал в гражданской войне, в 270-м Белорецком стрелковом полку против Колчака; на Туркестанском фронте; в Первой Конной армии С. М. Будённого, и др.
В 1931—1934 гг. Минигали Мингазович был слушателем Военной академии имени М. В. Фрунзе.
С 1934 помощник начальника отделения Разведуправления Генерального штаба Красной Армии.
Как пишет Константин Симонов, Шаймуратов хорошо владел английским, китайским, татарским, уйгурским и казахским языками, и вероятно поэтому «объехал полмира по особым заданиям правительства».
1934—1935 гг. — военный атташе в Турции;
1936—1937 гг. — советник военного комитета при правительстве Гоминьдана в Китае.
1938 г. — декабрь 1940 г. — военный атташе в Китае.
После начала Великой Отечественной войны в 1941 году полковник М. М. Шаймуратов был назначен помощником начальника отдела Генерального штаба Красной Армии и командиром части по охране Кремля — 1-й Особый кавалерийский полк, который вскоре был направлен на фронт в состав корпуса генерала Л. М. Доватора. За бои под Волоколамском, на подступах к Москве, М. М. Шаймуратов был награждён вторым орденом Красного Знамени.
25 декабря 1941 года прибыл в Уфу и вступил в должность командира 112-й Башкирской кавалерийской дивизии. Со 2 июля 1942 года дивизия на передовой; воюет в составе Брянского фронта, Юго-Западного фронта.
За мужество и героизм в боях, за успешное выполнение важных оперативных задач 112-я Башкирская кавалерийская дивизия была 14 февраля 1943 года преобразована в 16-ю гвардейскую. 10 ноября 1942 года Шаймуратов получил звание генерал-майор.
Шаймуратовская дивизия за годы Великой Отечественной войны прошла от Дона до Эльбы свыше 4000 км. 15 раз отмечена в приказах Верховного Главнокомандующего, как отличившаяся в боях.
3860 воинов дивизии награждены орденами и медалями, 78 из них стали Героями Советского Союза и пятеро полными кавалерами ордена Славы. Такого количества героев ВОВ, нет ни в одном соединении Красной Армии.
23 февраля 1943 года погиб между поселками Штеровского динамитного завода им. Г. И. Петровского (Петровское) и Юлино (Штеровка) Ворошиловоградской области при выходе полка из рейда по тылам противника.
По версии украинского историка А. А. Маслова, основанной на материалах архива Министерства обороны России, генерал Шаймуратов в ходе рукопашного боя был тяжело ранен и захвачен фашистами и тотчас же в течение боя варварски запытан до смерти донскими казаками, находящимися на службе гитлеровцев.
Награждён орденами Красного Знамени (1938, 1941), Красной Звезды (1943, посмертно), медалью «20 лет РККА» (1938) (есть упоминания о 3-м ордене Красного Знамени 1942 г., но не во всех источниках).
Константин Симонов написал о нём очерк «В Башкирской дивизии». Родная деревня названа именем генерала, а 31 мая 1964 года в Шаймуратово был установлен памятник, автор — скульптор Б. Д. Фузеев.
8 мая 2010 года в Парке Победы Уфы на Аллее славы был установлен бюст генерала.
В Республике Башкортостан Шаймуратов считается народным героем, он воспет в башкирской песне «Шаймуратов-генерал» (муз. Загира Исмагилова, сл. Кадыра Даяна), ставшей народной. Песня была впервые исполнена солистом Башкирского государственного театра оперы и балета Габдурахманом Хабибуллиным в марте 1942 года.
В 1899 году в метрической книге Оренбургского мухамедданского духовного собрания было записано: «Минлегали Мингажетдин улы Шаймуратов. Отец — башкир, мать — башкирка из тептярей».
М. М. Шаймуратов в анкете при вступлении в ВКП(б) числился «тептярем».
В наградном листе к ордену Ленина была указана национальность «татарин». В биографической литературе указывается «башкирское происхождение» Шаймуратова.
Гвардии старший лейтенант Насыров Анвар Хатыпович, командир эскадрона 112-й кавалерийской дивизии в своей книге «Подвиг генерала» писал: