Родился в селе Уршакбашкарамалы Миякинского района Башкирии в крестьянской семье 28 октября 1923 года, по другим сведедиям 8 марта 1923 года.
По национальности башкир.
В июле 1939 приехал в Ашу, поступил работать в доменный цех Ашинского металлургического завода.
В 1940-41 учился в нефтяном техникуме в Баку.
В 1941 году призван в армию.
26-27 сентября 1943 года проявил мужество и отвагу в боях на реке Молочной. Дважды раненый, он отказался покинуть поле боя, за что был награжден орденом Красной Звезды.
8 марта 1944 года командир взвода лейтенант Губайдуллин получил приказ любой ценой подавить огневую точку на одном из курганов и разорвать таким образом оборонительную линию противника на рубеже Дудчаны — Рядовое. В ходе штурма тяжело раненный лейтенант своим телом закрыл амбразуру вражеского дзота. 3 июня 1944 года Указом Президиума Верховного Совета СССР гвардии лейтенанту М. Х. Губайдуллину было присвоено звание Героя Советского Союза.
Похоронен в Николаевской области, северо-западной окраины с. Александровка, перехоронен на кургане у села Дудчаны.