Родилась в семье среднего класса, отец — из Пенджаба (позднее пенджабская реальность войдет в фильм Миры Наир Свадьба в сезон дождей). Закончила социологический факультет Делийского университета, играла в политическом уличном театре, в любительской драматической труппе. В возрасте 19 лет переехала в США, продолжила учебу по специальности в Гарварде.
Сняла несколько документальных фильмов, один из них (Кабаре Индия, 1985) был замечен критикой и награжден несколькими премиями. Ее дебютный игровой фильм Салям, Бомбей (1988) принес ей мировое признание.
Принадлежит двум культурам — Востока и Запада, этот момент нередко становится основой ее фильмов, определяет точку зрения режиссёра. В индийском кино Наир выделяет для себя творчество Ритвика Гхатака, она называет свой фильм Тёзки данью его памяти. Работает как с непрофессиональными исполнителями, так и с актерами-профессионалами — индийскими исполнителями, американскими и европейскими звездами (Джина Роулендс, Ума Турман, Риз Уизерспун, Хилари Суонк, Мариса Томей, Ричард Гир, Чезз Палминтери, Дензел Вашингтон, Юэн Макгрегор и др.).
Входила в жюри Каннского кинофестиваля (1990), возглавляла жюри Берлинского кинофестиваля в 2002. Названа нью-йоркской газетой India Abroad человеком 2007 года.