Маргулис родилась в Оксфорде в 1941 году в семье врача Джозефа Маргулиса и его супруги, инвестора в недвижимости Рут (в девичестве Уолтерс). Её семья имела еврейские корни, а её предки иммигрировали в Англию из Белоруссии.
Среднее образование она получила в родном Оксфорде, а колледж посещала в Кембридже, где также стала участвовать в театральных постановках актёрского клуба «Footlights».
Благодаря своему отличительному голосу первую работу Маргулис получила в качестве актёра озвучивания. На ранних этапах своей карьеры она озвучивала аудиоклип мягкой порнографии, а также её голосом говорили персонажи японских мультсериалов, показанных на британском телевидении. Её непосредственный актёрский дебют состоялся на телевидении в 1965 году, где последующие десять лет она снималась в различных телесериалах.
В 1990-х Маргулис часто работала вновь в качестве актрисы озвучивания. В 1995 году её голосом говорила колли в комедии «Бэйб: Четвероногий малыш» и бабушка Роузи в «Балто», в 1996 — тётя Спондж в мультфильме «Джеймс и гигантский персик», а в 1998 — сваха в «Мулане».
В 2001 году Мириам Маргулис стала кавалером Ордена Британской империи, с пометкой «за вклад в драматическое искусство».
В 2002 году Мириам Маргулис исполнила роль профессора травологии Помоны Стебель во втором фильме о приключения Гарри Поттера — «Гарри Поттер и Тайная комната». Вновь в этой роли актриса появится в 2011 году в фильме «Гарри Поттер и Дары Смерти: часть 2».
В 2006 году Маргулис исполнила роль мадам Моррибль в лондонской постановке мюзикла «Злая», а в 2008 году повторила свою роль и на Бродвее.
Мириам Маргулис является открытой лесбиянкой, и уже более 40 лет не расстаётся со своей партнёршей Хэзер.
Помимо актёрской карьеры она активно занимается благотворительностью, особенно в фондах глухих и слепых людей.