Родился в небогатой, глубоко религиозной семье, по вероисповеданию — католик-маронит. Получил среднее образование в католических школах, одновременно дружил со многими мусульманскими детьми: «Мы никогда не делали различий между Али и Пьером или между Хасаном и Мишелем. Мы ели вместе и спали в домах друг друга».
Окончил военное училище в 1958, военную школу в Шалон-сюр-Марн, Франция (1959). Затем проходил обучение в артиллерийской школе в Форт-Сил, штат Оклахома, США (1966) и в Высшей военной школе во Франции (1978—1980). Владеет английским, французским, испанским и итальянским языками.
Служил артиллерийским офицером в ливанской армии. Когда в 1961 двое его сослуживцев, членов просирийской партии, были арестованы военной контрразведкой за подготовку мятежа, потребовал прекратить допросы с пристрастием. Однако когда он покинул часть, пытки были продолжены. Вернувшись, Аун назвал действия контрразведчиков «недопустимым нацизмом».
В период гражданской войны в Ливане, начавшейся в середине 1970-х годов, неизменно поддерживал центральную власть. В начале 1980-х годов командовал «Охранной бригадой», расположенной на «Зеленой линии», разделявший Восточный и Западный Бейрут, христиан и мусульман. Участвовал в вооруженных столкновениях с сирийскими военными формированиями. Во время израильского вторжения в Ливан в 1982 оборонял президентский дворец и лишь приказ президента Элиаса Саркиса заставил его отступить.
С 1982 — командир 8-й бригады, сформированной на мультиконфессиональной основе. В 1983 его бригада разгромила возле города Сук аль-Гарб отряды друзской Прогрессивно-Социалистической партии Ливана, которые при поддержке сирийских войск воевали против ливанского правительства и ливанской армии.
С 1984 — командующий вооружёнными силами, самый молодой в истории Ливана генерал на этом посту. Сосредоточил свои усилия на сохранении силы и единства армии. Отказывался от общественной роли, принципиально не давал интервью СМИ (исключая журнал вооружённых сил) в период 1984—1988.
22 сентября 1988, за пятнадцать минут до истечения своих полномочий, президент Ливана Амин Жмайель в ситуации, когда новый глава государства не был избран из-за гражданской войны, назначил его премьер-министром (на период до выборов нового президента) с сохранением поста командующего вооружёнными силами. Это решение было не признано просирийскими политическими силами. Сирия, которая препятствовала приходу на пост президента любого антисирийски настроенного политика, продолжала признавать законность правительство мусульманина-сунита Селима Хосса. Противники Ауна считали, что своим решением Жмайель нарушил закон (в Ливане существуют конфессиональные квоты, согласно которым президент должен быть христианином, а премьер-министр — суннитом). В то же время Аун и его сторонники считали, что закон не нарушен, так как речь шла о сугубо временном назначении в условиях отсутствия президента. Кроме того, генерал апеллировал к прецеденту — в 1952 командующий армией генерал Фуад Шехаб (также католик-маронит) в аналогичной ситуации несколько дней был премьер-министром и исполнял обязанности президента до избрания нового главы государства.
Выступал за единство страны, против присутствия на ливанской территории сирийских войск, за разоружение парамилитарных формирований — «милиций» — вне зависимости от их конфессиональной принадлежности. На его стороне оказалось около 40 % военнослужащих ливанской армии. Получил поддержку Франции, а также Ирака — соперника Сирии в вопросе влияния на арабский мир. Вместе с тем проявил себя как недальновидный, негибкий и авантюристичный политик. 14 марта 1989 года Аун объявил т. н. «Войну за освобождение» против Сирии. Ливанская сторона не была готова к началу военных действий с таким сильным противником, хотя на сторону Ауна встала самая мощная военная организация христианского лагеря «Ливанские Силы», насчитывавшая более 20 тыс. бойцов с артиллерией и тяжелой бронетехникой во главе с Самиром Джааджаа, непримиримым противником сирийского присутствия в Ливане. Ввиду этого, боевые действия свелись, в основном, к артиллерийским дуэлям, наносившим вред мирному населению Бейрута и его пригородов. 13 августа 1989 года армии Ауна удалось разбить возле города Сук-эль-Гарб объединенные силы друзов Валида Джумблата, коммунистов и палестинцев под командованием Абу Мусы, поддержанные сирийской бронетехникой и артиллерией.
Желая установить полную власть над христианским анклавом, потребовал от «Ливанских Сил» «объединить оружие», то есть влиться в состав его армии. После отказа Самира Джааджаа 30 января 1990 года Аун отдал приказ верным ему частям атаковать позиции «Ливанских Сил». Война между армией Ауна и «Ливанскими Силами» привела к подрыву боеспособности обоих её участников и стала причиной того, что руководство «Ливанских Сил» поддержало просирийского президента Элиаса Храуи. Отказался признавать Таифские соглашения 1989, согласно которым восстанавливалось единство страны, но сирийские войска продолжали находиться на территории Ливана. Настаивал на утверждении соглашения с помощью референдума. Заявлял: «Мы за мир с Сирией, но не можем поступиться независимостью Ливана. Мы за мир с мусульманами, но они должны признать демократические принципы».
Избранный после подписания соглашений просирийский президент Ливана Элиас Храуи уволил Ауна с поста командующего армией. Этого решения не признал и укрепился со своими сторонниками в президентском дворце, пользовался поддержкой многих ливанцев (как маронитов, так и суннитов, и шиитов), видевших в нём патриотического лидера страны. Противники обвиняли его в затягивании гражданской войны.
В августе 1990 Сирия отказалась поддержать вторжение Ирака в Кувейт и встала на сторону антисаддамовской коалиции. Взамен США «закрыли глаза» на установление полного контроля Сирии над Ливаном и устранение Ауна с политической арены. 13 октября 1990 сирийские войска вошли в Восточный Бейрут и блокировали территорию, контролируемую Ауном, начав её обстрел с земли и воздуха.
Оказавшись в безвыходной ситуации, генерал был вынужден принять предложение Франции о политическом убежище в её посольстве. Президент Франции Франсуа Миттеран заявил, что безопасность Ауна — «дело чести». После десяти месяцев пребывания в посольстве просирийские власти Ливана разрешили генералу покинуть страну и уехать во Францию.
В эмиграции жил в Марселе, основал Свободное патриотическое движение (СПД), которое стало одной из основных антисирийских политических сил страны. Среди его сторонников много представителей интеллигенции — преподаватели, инженеры, адвокаты, врачи, а также активисты студенческого движения.
Получил возможность вернуться в страну после «кедровой революции» 2005 и ухода из Ливана сирийских войск. 7 мая 2005 прибывал в Ливан и неожиданно для многих наблюдателей отказался солидаризироваться с антисирийскими политическими силами. Выступил за компромисс с Сирией, против отставки просирийского президента Эмиля Лахуда (который в 1989 сменил его на посту командующего армией). Свою позицию объяснил следующим образом: «Я могу попытаться поставить себя над сторонами во имя национального примирения. Даже де Голль, который читал книги по истории, в определенный момент набрался смелости изменить мнение и уйти из Алжира». Позднее писал:
Выступил с идеей провести Конференцию по национальному диалогу с участием всех партий. Сторонник развития в Ливане гражданского общества, противник консервации конфессиональной системы раздела власти.
В июне 2005 на парламентских выборах созданная им партия «Реформы и прогресс» получила 21 место из 128, победив на «христианском» Севере страны. Был избран депутатом парламента. Отказался войти в состав правительственной коалиции, оставшись в оппозиции.
В феврале 2006 подписал соглашение между Свободным патриотическим движением и шиитским радикальным движением «Хезболлах». Считает, что «Хезболлах» — «подлинная ливанская сила, они кровь от крови нашей».
Осудил израильское вторжение в Ливан в июле 2006. В статье, опубликованной 1 августа 2006 в российской газете «Ведомости», писал: «Лично я верю, что любая человеческая жизнь уникальна и бесценна — и жизнь израильтянина, и жизнь ливанца… Найдут ли другие арабские народы и их лидеры в себе смелость признать, что жизнь израильтянина так же ценна, как и жизнь араба? Найдет ли Израиль мужество признать, что жизнь ливанца так же ценна, как жизнь израильтянина? Я верю, что большинство арабов и израильтян ответят утвердительно. Можем ли мы ожидать от их правительств и лидеров того же?».
Его девиз: «Жизнь, лишённая свободы, всего лишь разновидность смерти».