Отец Беляева был богатым российским лесопромышленником, мать по происхождению из семьи обрусевших шведов. Митрофан Беляев сам в молодости принимал участие в делах отца, прожив для этого несколько лет на берегах Белого моря. В Архангельске, как и раньше в Петербурге, он организовал любительский кружок квартетной музыки, сам исполняя преимущественно партию второй скрипки.
С 1882 г. Беляев устраивал у себя дома в Петербурге еженедельные музыкальные вечера камерной музыки (которые в первое время не прерывались даже и летом), положивших начало объединению выдающихся музыкальных деятелей, в дальнейшем известного как Беляевский кружок. Обычными посетителями «Беляевских Пятниц» бывали Н. А. Римский-Корсаков, А. К. Глазунов, А. К. Лядов и многие другие выдающиеся музыканты-композиторы и исполнители; здесь можно было встретить и А. П. Бородина, и П. И. Чайковского, и Ц. А. Кюи, и приезжих артистов, как, например, Никиша и других. Тесные связи с Беляевским кружком поддерживал музыковед Александр Оссовский. Одним из видных представителей молодого поколения беляевцев был польский композитор, дирижер и педагог Витольд Малишевский.
Исполнялись на этих вечерах — преимущественно любительским квартетом, в котором сам Митровфан Петрович играл на альте, — наряду с классическими произведениями иностранной музыки, и только что написанные сочинения русских композиторов. Большое число мелких отдельных пьес, нарочно для Беляевских пятниц написанных, изданы затем Беляевым в двух сборниках под заглавием «Пятницы» (см. «Вестник Самообразования», 1904, № 6). По пятницам разыгрывались и сочинения, присылавшиеся ежегодно на конкурс, учрежденный Беляевым при СПб. обществе камерной музыки. Последние годы Беляев состоял председателем этого общества. Под влиянием своего увлечения новейшей русской музыкой, в особенности сочинениями А. К. Глазунова, Беляев с начала 1880-х годов оставил все свои торговые дела и предался всецело служению интересам русской музыки.
В 1884 г. было положено им начало ежегодным русским симфоническим и квартетным концертам, а в 1885 г. основана в Лейпциге русская музыкальная нотоиздательская фирма «M. P. Belaieff, Leipzig». Этой фирмой издано за двадцать лет огромное число русских музыкальных сочинений, начиная с романсов и кончая симфониями и операми (в 1902 г. Беляев пожертвовал в Императорскую Публичную Библиотеку 582 тома своих изданий). Эта сторона деятельности Беляев потребовала расхода в несколько сот тысяч рублей, о возврате которых он и не мечтал. За неделю до его кончины, когда болезнь сломила его крепкий организм и заставила его лечь в постель, обычный пятничный квартет по его настоянию всё-таки не был отменен. Беляев завещал на продолжение и расширение начатого им музыкального дела значительные капиталы.
В 1867 году Митрофан Беляев получил разрешение от министерства государственных имуществ Российской империи на эксплуатацию лесов на берегах реки Выг, а 19 сентября 1869 года запустил лесопильный завод на берегу Сорокской бухты Белого моря(ныне г.Беломорск) Через два года завод сгорел. На его месте впоследствии были построены три завода. Завод просуществовал до 2006 года.
Похоронен М.П.Беляев на Новодевичьем кладбище Санкт-Петербурга. В 1936г. прах перенесен в Некрополь мастеров искусств Александро-Невской лавры (бывшее Тихвинское кладбище). Н. Римским-Корсаковымв 1904 году сочинена прелюдия "Над могилой" и посвящена памяти незадолго перед тем скончавшегося Митрофана Петровича Беляева, его большого друга и друга всех русских композиторов.