Родился 10 мая 1953 года Москве.
С 1970 года — студент химического факультета Московского государственного педагогического института. Институт не закончил, перешёл в Семинарию.
В 1972—1975 годы обучался в Московской духовной семинарии.
В 1975—1979 годы — обучался в Московской духовной академии.
15 февраля 1975 года рукоположён в сан диакона.
22 июня 1975 года хиротонисан в сан пресвитера и назначен настоятелем Знаменского кафедрального собора в Иркутске, а также секретарём епископа Иркутского и Читинского Серапиона (Фадеева) и благочинным храмов 1-го и 2-го Иркутских округов.
7 сентября 1975 года пострижен в монашество с именем Алексий — в честь святителя Московского Алексия.
8 сентября 1975 года возведён в сан игумена, а 20 ноября 1975 года — в сан архимандрита.
С мая 1980 года — настоятель Успенского кафедрального собора в г. Владимире, секретарь архиепископа Владимирского и Суздальского Серапиона (Фадеева) и благочинный храмов Владимирского и Муромского округов.
С 27 марта 1984 года — наместник Свято-Троице-Сергиевой Лавры.
С 20 октября 1988 по 20 июля 1990 года — председатель Финансово-хозяйственного управления Московской Патриархии.
30 ноября 1988 года постановлением Священного Синода определено быть епископом Зарайским, викарием Московской епархии, и в тот же день в зале заседаний Священного Синода состоялось наречение.
1 декабря 1988 года хиротонисан во епископа Зарайского, викария Московской епархии. 30 декабря 1988 года возведен в сан архиепископа.
С 20 июля 1990 года — архиепископ Алма-Атинский и Казахстанский. С 29 января 1991 Алма-Атинский и Семипалатинский.
В декабре 1994 года специальным указом Президента Нурсултана Назарбаева получил гражданство Казахстана.
С 7 октября 2002 года — архиепископ Тульский и Белёвский. Одновременно, с 26 декабря 2002 года — ректор Тульской духовной семинарии.
В 2008 году предпринял процесс за каноническое очищение состава клира Тульской и Белёвской епархии от скомпрометировавших себя священнослужителей.
20 апреля 2009 года возведён Патриархом Кириллом в сан митрополита.
27 июля 2011 года утверждён настоятелем (священноархимадритом) Тульского Богородичного Щегловского и Жабынского Введенского Макариевского мужских монастырей.
27 декабря 2011 года в связи с образованием Белёвской епархии титул изменён на Тульский и Ефремовский; одновременно назначен главой новообразованной Тульской митрополии.