Представитель польского графского рода. Учился дома и в Кракове. Поступил на службу в австро-венгерскую армию, но по причине слабого здоровья через несколько месяцев оставил службу. Окончил юридический факультет Вроцлавского университета, в 1888 году получил степень доктора права. Во время учёбы ездил в Италию (где был принят Львом XIII), а также в Киев и Москву, где общался с представителями украинского националистического движения.
В 1888 году принял монашество с именем Андрей, вступив в орден Святого Василия (базилиан). С 22 августа 1892 года — священник в Перемышле, затем в Добромилах. Учился в иезуитской семинарии в Кракове, получив степень доктора теологии в 1894 году. С 20 июня 1896 года — игумен монастыря Святого Онуфрия во Львове. В 1899 году был назначен императором Францем Иосифом I епископом Станиславовским. С 17 декабря 1900 года — митрополит Галицийский, архиепископ Львовский и епископ Каменец-Подольский (интронизация — 17 января 1901 года).
Занимался политикой, был депутатом Галицийского сейма, австрийской Палаты Господ. По мнению В.Силенко, после назначения на должность главы униатской церкви Шептицкого последовала «кадровая революция»: в богословские семинарии стали принимать только тех, кто разделял антирусские убеждения.
Осенью 1908 года митрополит Андрей нелегально, по фальшивым документам въехал в Россию и посетил подпольные униатские общины в Петербурге и Москве. В 1910 году ездил в США, где занимался организацией эмигрантов из Галиции. Посетил 21-й Евхаристический конгресс, проходивший в Монреале.
Во время Первой мировой войны, когда после Галицийской битвы Львов был занят русскими войсками, Шептицкий остался во Львове, со своими прихожанами. 19 сентября 1914 года был арестован русскими военными властями за антироссийские проповеди и выслан вглубь России. Находился в ссылке в Киеве, Новгороде, Курске, а затем в почетном заключении в Спасо-Евфимиевском монастыре в Суздале.
Вскоре после Февральской революции освобождён Временным правительством по предложению министра юстиции Керенского. 29—31 мая 1917 года созвал Собор Российской грекокатолической церкви (РГКЦ), назначив своим экзархом в России иеромонаха студита Леонида Фёдорова.
В конце 1917 года вернулся во Львов. После окончания Первой мировой и распада Австро-Венгрии поддерживал идею независимой Западной Украины, за что арестовывался польскими властями.
Задолго до начала Второй мировой войны митрополит Шептицкий пользовался огромным уважением не только среди украинского населения, но и среди евреев. Прекрасно владел письменным и разговорным ивритом. В 1935 году еврейская газета «Хвыля» поздравила митрополита с 70-тилетием. Гуманистическое и толерантное отношение к евреям неоднократно служило поводом для критики деятельности А. Шептицкого. Известно также, что во время «Дела Бейлиса» в октябре 1913 года Шептицкий публично опроверг кровавый навет на евреев:
Деятельность Шептицкого в годы Второй мировой войны неоднозначна. Возможно, на его позицию в отношении оккупационных властей повлияла политика Советской власти на территории Западной Украины в 1939—41 годах. Были на то и личные причины: 27 сентября 1939 года в Прилбичах сотрудниками НКВД были расстреляны брат А. Шептицкого Лев, его супруга и все члены семьи[неавторитетный источник?].
В июне 1940 А. Шептицкий обратился с письмом к И. В. Сталину, протестуя против пропаганды безбожия в школах.
В первый период начавшейся советско-германской войны Митрополит встал на путь сотрудничества с оккупационными властями. 1 июля 1941 года, на следующий день после занятия Львова германскими войсками, он обратился к пастве с приветственным посланием по этому поводу. В июле того же года А. Шептицкий встретился с руководителем ОУН (Организация украинских националистов) С. Бандерой и как глава церкви дал согласие на борьбу бандеровцев с большевиками.
23 сентября 1941 года после взятия Киева направил Гитлеру поздравительное письмо, в котором приветствовал фюрера как «непобедимого полководца несравненной и славной немецкой армии»:
12 января 1942 года Шептицкий снова предложил Гитлеру тесное сотрудничество.
Бывший сотрудник абвера фельдфебель Альфонс Паулюс показал на Нюрнбергском процессе:
Вместе с тем, следует отметить, что приписываемые А. Шептицкому высказывания с призывами о сотрудничестве с немецкими оккупационными властями противоречивы и порой не соответствуют действительности. Так, в 1942 году «Послание митрополита Шептицкого к хлеборобам» содержало такой текст: «Командование немецкой армии просит меня, чтобы я огласил, что нужно платить налоги, контингенты» и т. д. В газете эти строки были опущены, и получилось, что обращение «о сдаче контингента» исходит непосредственно от А. Шептицкого. Церковные власти вынуждены были обратиться в газету с просьбой восстановить истинный текст сообщения.
14 января 1942 года Шептицкий во главе группы националистических руководителей подписал письмо Гитлеру: «Мы заверяем Вас, Ваше превосходительство, что руководящие круги на Украине стремятся к самому тесному сотрудничеству с Германией, чтобы объединёнными силами немецкого и украинского народа… претворить в жизнь новый порядок на Украине и во всей Восточной Европе».
Хотя нацисты в то время не отличали евреев от большевиков, Шептицкий выступал против уничтожения евреев и межнациональной розни. Он сам участвовал в спасении более сотни еврейских детей и нескольких семей еврейских раввинов, распорядившись укрывать их в своей резиденции, монастырях и церквях епархии, в том числе раввина Львова Давид Кахане, которого прятали в Соборе святого Юра. Активную помощь также оказывали крестьяне окрестных сел, предоставлявшие продукты питания, а также монахи и монашки, которые обеспечивали убежище раввинам и их семьям. В конце лета 1942 года Шептицкий организовал кампанию спасения евреев. Это, по большей части, были люди, бежавшие из гетто или из Янивского лагеря. 14 августа 1944 года 2000 еврейских детей были тайно вывезены в разные монастыри. Их прятали в криптах, в монастырских школах, детских приютах Львова и окрестностей, им были выданы фальшивые удостоверения о крещении. Шептицкий организовал подпольные группы людей, которые помогали прятать евреев. В этом участвовали монахи-студиты под руководством игумена Унивского монастыря Климентия, брата митрополита. Были разработаны специальные маршруты, которыми тайно переправляли евреев в Венгрию, где было более безопасно.
В спасении евреев А. Шептицкому также оказывала значительную помощь сестра монастыря св. Иосифа Елена Витер. Вместе с Климентием Шептицким они помогли спрятать 53 человека на обувной фабрике и в монастыре монахов-студитов. В 1946 году, в период ликвидации большевиками УГКЦ, сестра Елена Витер была арестована за участие в ОУН и осуждена в общей сумме к 30 годам лишения свободы. Брат Климентий был арестован в 1947 году, осуждён к 8 годам лишения свободы, умер во Владимирской тюрьме.
В январе 1942 года Шептицкий вместе с другими общественно-политическими деятелями Украины направил А. Гитлеру письмо-протест против немецкой политики на Востоке.
А. Шептицкий был единственным представителем церкви в Европе, кто обратился с письмом к Папе Римскому и лично к Гиммлеру, протестуя против геноцида евреев.
В ноябре 1942 года митрополит, исходя из принципов христианских заповедей, написал пастырское письмо «Не убей!», адресованное в первую очередь полякам и украинцам и призвавшее усмирить прекратить вражду между ними. Однако оно не было опубликовано, осев в архиве.
Утверждается,[кто?] что Гиммлер приказал арестовать А. Шептицкого. Однако Гансу Франку и Отто Ляшу, которые руководили Галичиной в то время, удалось удержать рейхсфюрера СС от этого шага — митрополит пользовался глубоким уважением среди народа, и его арест мог сильно дестабилизировать обстановку. Гестаповцы провели обыски в соборе Св. Юра, во время которых вскрывали даже мощи.
При формировании в 1943 году дивизии СС «Галичина» Шептицкий делегировал капелланов для ведения пастырской работы в ней. В своей полемике с инициатором создания дивизии бургомистром Львова В. Кубийовичем, призывал его обдумать политическую целесообразность и моральную ответственность такого шага.
Предвидя гонения со стороны советских властей, Шептицкий ещё в 1939 году добился назначения своим преемником Иосифа Слипого, ректора Львовской Богословской Академии, и хиротонизировал его в епископа.
В 1944 году, сразу после входа во Львов Советской армии, Шептицкий отправил Сталину поздравительное послание, а затем и делегацию, которая «верноподданнейше» посетила московскую патриархию, Верховный Совет СССР и НКВД.
В беседе с уполномоченным Совета по делам религиозных культов при СНК УССР С.Даниленко-Кариным Шептицкий говорил: «Я искренне рад, что Советская власть освободила нас от этих немцев, и об этой радости и об обязанностях, вытекающих из нее, говорил и говорю верующим и духовенству. Не далее, как сегодня у меня состоялся собор местного духовенства и некоторых приезжих. Такие соборы у меня бывают каждый четверг. Так вот я поучал их, как нужно быть благодарным и покорным Советской власти, ниспосланной нам Богом, и духовенство с искренностью воспринимало и воспринимает мои поучения»
А. Шептицкий скончался 1 ноября 1944 года во Львове. Похоронен в крипте Собора святого Юра — своего Львовского митрополичьего кафедрального собора. В настоящее время проходит процесс его беатификации — причисления к лику блаженных Католической церкви.
После смерти А. Шептицкого и проведения ликвидации УГКЦ, в 1946 году МГБ провело «комбинацию» в отношении священника УГКЦ И. Котива, в ходе которой была получена информация о возможных тайниках и архивах А. Шептицкого. 29 марта 1946 года группой МГБ СССР в результате ареста и активного допроса монаха А. Кульбенко были выявлены тайники в здании митрополичьих палат и прилегающих строениях, обнаружены и конфискованы значительные ценности.
В Израиле по ходатайству Давида Кахане рассматривался вопрос о присвоении А. Шептицкому звания «Праведник народов мира». Однако когда в 1981 году дошло до голосования, то из 13 членов комиссии, рассматривавшей вопрос, двое воздержались, пятеро высказались за присуждение звания и шесть — против (Д. Кахане, который также был членом комиссии, воздержался). В результате звание присвоено не было. Причиной этого стало сотрудничество А. Шептицкого с немецкими оккупантами, в том числе участие в создании дивизии СС «Галичина». Следует отметить, что в разное время Праведниками были признаны некоторые члены вермахта и других служб и органов Третьего рейха, имевшие различное отношение к спасению евреев. Вопрос о присвоении Шептицкому звания Праведника рассматривался в Яд ва-Шем несколько раз, и последний раз предложение было отклонено в 2007 году.
Это решение вызвало неоднозначную реакцию. Например, два польских автора выразили возмущение этим фактом в газете «The Jerusalem Post». После отказа комиссии Яд ва-Шем признать Шептицкого Праведником народов мира, еврейская община Украины в мае 2008 года признала его Праведником.
Брат Андрея Шепетицкого, Климентий Казимир Шепетицкий был признан Праведником мира.
Одной из малоизвестных сторон социальной деятельности митрополита стало то, что он добился от австрийского правительства помощи для вдов священников УГКЦ. В годы Второй мировой войны православные священники и миряне Каменца обращались к митрополиту Шептицкому с просьбой оказать финансовую и сугубо церковную помощь: предоставить книги, ризы, утварь для литургии и так далее, и митрополит в помощи не отказывал.
Митрополит поддерживал деятельность украинских культурно-просветительских обществ «Просвита», «Родная школа», «Сельский хозяин». Является основателем Национального музея во Львове, здание для которого приобрёл в 1905 году на собственные средства. Благодаря попечению Шептицкого в музее собрана одна из крупнейших в Европе коллекций иконописи.
Для первой Епархиальной библиотеки в Станиславове митрополит передал 4 тысячи книг из личной библиотеки. При содействии митрополита был открыт Академический Дом, «Народна Личныця» (Народня Больница; 1903—1938, которая впоследствии стала современным госпиталем), несколько гимназий. В 1932 году своим ходатайством к чешскому правительству Андрей Шептицкий спас от закрытия украинскую хозяйственную академию, основанную в 1922 году в Подебрадах. Шептицкий также являлся учредителем Земельного банка во Львове (1910), а также кредитного союза «Руська ощадниця» в Перемышле.
В сумме на детские дома потрачено более 1 миллиона долларов, включая ежегодные подарки на Песах еврейским детям из бедных семей.
Мерами Комиссии охраны природы при Научном товариществе им. Т. Шевченко митрополит дал указание создать в Львовской митрополии заповедник кедровых лесов в п. Подлютое, и заповедник степной растительности у подножья Чёртовой Горы на Рогатинщине. Это были одни из первых природных заповедников на Украине. А. Шептицкий лично способствовал открытию курортов (Черча).