Бэнулеску-Бодони происходил из древнего дворянского рода.
Обучался в Бистрицком, затем в Семиградском училище, с 1771 в Киево-Могилянской академии, с 1773 в Греции. В 1776 году возвратился в Трансильванию, преподавал в городе Нэсэуде. В 1777 году переехал в Яссы, где преподавал латинский язык в господарском училище.
С 1779 года изучал греческий язык в Константинополе, где был принят лично Патриархом Софронием II. В Успенском монастыре в Константинополе пострижен в монашество с именем Гавриил; обучался в патмосском училище. Из-за эпидемии чумы вернулся в Яссы, где занял кафедру греческого языка в училище. В 1781 году рукоположён Молдавским митрополитом Гавриилом Каллимаки (Кэлмашу), братом Господаря Йона Каллимаки, во диакона, затем иерея; служил в Ясской митрополии.
В 1782 году, по приглашению архиепископа Славянского и Херсонского Никифора (Феотоки), переехал в Полтаву. где стал инспектором и преподавателем философии в Славянской Духовной Семинарии. В 1784 году вновь переехал в Яссы, где был возведён в сан архимандрита.
Во время русско-турецкой войны жил в Полтаве, служил домовым священником молдавского господаря Александра II Маврокордата. С 1788 года ректор Екатеринославской Духовной Семинарии, где сформировал школу эллинистов: его учениками были, в частности, И. И. Мартынов и Н. И. Гнедич.
В 1789 году возвратился в Молдавию и был назначен 1-м членом Ясской духовной консистории. 26 декабря 1791 хиротонисан в Яссах архиепископом Екатеринославским Амвросием (Серебряковым) во епископа Белоградского Бендерского, викария Молдо-влахийской митрополии, местоблюстителем Молдо-Влахийской епархии.
11 февраля 1792 года, когда Дунайские княжества были оккупированы русской армией, по повелению Екатерины II, был возведён в сан митрополита и назначен экзархом Молдавии, Валахии и Бессарабии. После ухода русских войск из Дунайских княжеств и перехода территории под юрисдикцию Константинопольского Патриахата остался в Молдавии. 19 июня 1792 был взят под стражу господарём Александром Морузи и отправлен под конвоем в Константинополь. Синод Константинопольской Церкви под председательством Патриарха Неофита VII лишил его кафедры и анафематствовал. Ходатайством русского посланника в Константинополе В. П. Кочубея был освобождён.
В мае 1793 года назначен на Екатеринославскую кафедру. Во время его управления Екатеринославской (Новороссийской) епархией, по его благословению, был основан город Одесса; в последнем заложено четыре храма.
29 сентября 1799 года назначен на Киевскую кафедру.
С 7 апреля 1801 года — член Святейшего Синода и кавалер ордена Андрея Первозванного.
21 августа 1803, согласно прошению, был уволен на покой с Киевской кафедры с местопребыванием в Одессе.
В 1805 из Одессы переехал в Дубосары, где прожил ещё четыре года на покое.
В 1808 года вновь назначен членом Св. Синода и экзархом Молдавии, Валахии и Бессарабии с местопребыванием в Яссах. В 1812, по заключении Бухарестского мира, переехал в Кишинёв, оставшийся в составе России.
В августе 1813 года была учреждена новая епархия — Кишинёвская и Хотинская; митрополит Гавриил был назначен первым правящим архиереем епархии. Его трудами в Кишинёве 31 января 1813 была открыта Православная Духовная Семинария. В 1818 году Александр I впервые посетил Бессарабский край и встречался с митрополитом Гавриилом.
Скончался 30 марта (11 апреля по новому стилю) 1821 и был погребён в Каприянском Успенском монастыре под Кишинёвом (Страшенский район, село Каприяна); с 2005 монастырь восстанавливается.