Родился в 90-х годах XIV века в селе Одинцове близ Солигалича в семье служилого землевладельца по имени Феодор. В 12 лет принял монашеский постриг в одном из галичских монастырей. Через несколько лет перешёл в Симонов монастырь (Москва) где исполнял послушание пекаря.
С 1431 года — епископ Рязанский и Муромский.
Был избран на Соборе 15 декабря 1448 года митрополитом Киевским и всея Руси. Боясь, чтобы патриарх не отклонил этого кандидата, великий князь избрание его обставил с особой торжественностью, привлёк к участию в избрании всех епископов, представителей белого духовенства, монашества, бояр и земских людей. Но епископу Ионе не удалось пойти в Царьград за посвящением довольно долгое время. По-видимому, фигура митрополита Герасима, по непоследовательности Константинопольской патриархии (а отчасти и подкупности) требовала со стороны Москвы борьбы и устранения его с дороги своему кандидату. И бесспорно ещё великим препятствием был ряд неурядиц на московском великокняжеском столе. Юрий Дмитриевич продолжал враждовать с Василием Васильевичем и в 1433-1434 годах дважды одолевал его и занимал великое княжение. Только со смертью Юрия в 1434 году князь Василий крепко сел на великом княжении. Теперь, в конце 1436 или начале 1436 года. Иона отправляется в Константинополь. Но излишняя медлительность была причиной того, что Иона не получил митрополии, так как ранее его прибытия (в половине 1436 г.) греки поставили на русскую митрополию своего Исидора.
Когда Исидор по принятии им унии был низложен, Иона был посвящен в митрополиты Московские 15 декабря (1448) года собором русских святителей в Москве. Посвящение его, по благословению Патриарха Константинопольского Григория III, было впервые совершено русскими архиереями в Москве. Постоянно проживал в Москве и стал последним московский святителем, носивший титул митрополита Киевского. Ввёл новый порядок избрания первосвятителей-митрополитов — Собором русских епископов с согласия московского князя.
С избранием Ионы митрополитом, Московская Русь отвергла предложение Литвы, привезенное Ивашенцем, о кандидатуре на пост митрополита Григория Болгарина, ученика митрополита Исидора. Таким образом было положено начало фактической автокефальной Московской церкви, которая отвергла Флорентийскую унию.
Митрополит Иона имел большое влияние на великого князя Василия II, активно участвовал в его деятельности по объединению разрозненных русских княжеств.
При митрополите Ионе был торжественно причислен к лику святых митрополит Алексий, мощи которого были обретены нетленными при перестройке Чудова монастыря, начатой в 1431 году.
Иона скончался 31 марта 1461 года. Через после смерти Пахомием Сербом была написана ему церковная служба, в 1472 году были открыты мощи святителя (хранятся в Успенском соборе Московского Кремля) и установлено его местное почитание. В 1547 году при митрополите Макарии он был прославлен для общецерковного почитания.