О молодости Андрея Могилы известно немного. Он скорее всего родом с Левобережной Украины, возможно, из местечка Мена.
В молодости был запорожским казаком, потом был избран пехотным полковником во время молдавского похода Куницкого. Принимал участие в битвах под Кицканами в 1683 году и Рени, под его командой была казацкая пехота.
Возглавил заговор против своего предшественника гетмана Куницкого и после его убийства в марте 1684 года, был избран наказным гетманом Правобережной Украины.
Резиденция Могилы находилась в Немирове.
Могила в?л борьбу против турецко-татарской агрессии на Правобережной Украине. В мае 1684 года у местечка Студеница казацкий отряд гетмана попал в засаду и был уничтожен. Могиле с тридцатью казаками удалось спастись и добраться до Немирова. Но тут казаки учинили мятеж в войске, большинство из них (около 4 тысяч человек покинули гетмана) перешли и были приняты в казацкие полки на Левобережной Украине.
В дальнейшем казацкое войско Могилы неоднократно принимало участие в боях с турками на Подолье. Гетман и его казаки в декабре 1684 года отличились в битве под Цуцорой.
Андрей Могила был убит в январе 1689 года своими же казаками, недовольными разделом королевской оплаты за службу. Точная дата смерти остаётся предметом дискуссий историков.
Похоронен был в городке Трахтемирове.
Гетман Иван Мазепа в 1689 году про Андрея Могилу высказался категорично: «Оний не тилко пяний, але и тверезий розуму не мает».