Вагиф родился в крестьянской семье в деревне Салахлы, ныне Казахский район современного Азербайджана. Он получил хорошее образование, выучил фарси и арабский язык и имел солидные познания в астрономии, математике, архитектуре, музыке и поэзии. Вагиф занимался преподавательской деятельностью в медресе при мечети (приставка «молла» к имени поэта связана с этой его деятельностью) в городе Казах, а затем в Карабахе. Учёность Вагифа получила известность далеко за пределами его родины. В народе сложилась поговорка: «Не всякий, кто учится, может стать Молла Панахом». Слава поэта дошла до правителя Карабаха Ибрагим Халил-хана, и тот пригласил Вагифа во дворец и назначил везирем (министром иностранных дел). На этом посту Вагиф проявил незаурядные способности дипломата. При его участии был заключён оборонительный союз между Карабахом, Грузией, Талышским и Эриванским ханствами против Ирана. Он же был инициатором переговоров с Россией, имевших целью заручиться её поддержкой.
Летом 1795 года 85-тысячная персидская армия, которой командовал правитель Ирана Ага-Мухаммед-хан Каджар, выступила из Ардебиля и двинулась в Карабах, чтобы усмирить непокорное Карабахское ханство. В конце июля 1795 года персидские войска подошли к крепости Шуша. Огромной персидской армии противостояло 15-тысячное карабахское войско. Защитники Шуши отказались сдаться и храбро обороняли крепость. Осада Шуши затянулась и, как сообщает историк Мирза Адигезаль-бек, Ага-Мухаммед шах, решив запугать Ибрагим-Халил хана, выбрал двустишие из касиды поэта Сеид-Мухаммеда Ширази и несколько видоизменил его в соответствии с ситуацией:
Безумец! Град камней летит с небес.
А ты в стеклянных стенах ждешь чудес.
Здесь обыгрывается название осажденного города: Шуша по-азербайджански обозначает «стекло». Листок с этим двустишием был прикреплён к стреле, которую воины шаха запустили в крепость. Когда это письмо дошло до Ибрагим-Халил хана, он вызвал Вагифа, который тут же на обороте письма Ага-Мухаммед шаха написал:
Меня стеклом создатель окружил,
Но в крепкий камень он стекло вложил.
Получив письмо с этим стихом, Ага-Мухаммед шах пришёл в сильную ярость и возобновил пушечный обстрел Шуши. Однако после 33 дней безуспешной осады крепости войска шаха были вынуждены снять её и направились в Грузию.
Весной 1796 года русские войска под командованием графа Валериана Зубова пришли в Карабах. Ибрагим-Халил хан послал к Зубову посольство с богатыми дарами во главе с сыном Абульфат ханом, в которое входил и Вагиф, и изъявил покорность российской императрице. Ибрагим-Халил хану и Вагифу от имени Екатерины II преподнесли ценные подарки. Вагифу подарили посох, украшенный драгоценными камнями.
После смерти императрицы Екатерины II император Павел I отозвал русские войска с Кавказа. Воспользовавшись этим, Ага-Мухаммед шах начал новый поход на Кавказ, чтобы привести к покорности местных правителей. Так как в Карабахе был неурожай и свирепствовал голод, у Ибрагим-Халил хана не было возможности организовать сопротивление, и он в сопровождении небольшого отряда бежал из города. Город был без боя занят войсками персидского шаха. Вагиф был брошен в темницу, и на рассвете его ожидала казнь. По совпадению, в тот же вечер за какую-то провинность Ага-Мухаммед шах обещал казнить и трёх своих слуг. Однако Ага-Мухаммед шах не дожил до утра. Слуги, которым он пригрозил казнью, проникли ночью в спальню шаха и убили его.
Убийство шаха спасло жизнь Вагифа, но ненадолго: в 1797 году временно взявший власть в ханстве племянник Ибрагим-Халил хана Мухаммед-бек Джеваншир, видевший в нём преданного сторонника своего дяди, повелел убить поэта и его сына Али-бека. После убийства Вагифа дом его был разгромлен, а рукописи — уничтожены.
Произведения поэта были собраны впоследствии по отдельным записям или из уст певцов. Первый сборник стихов Вагифа был издан в 1856 году М. Ю. Нерсесовым в Темир-Хан-Шуре (ныне Буйнакск). Первое наиболее полное их собрание было издано в 1945 году (русский перевод 1949 г.).
В советское время (1982 г.), на могиле поэта в гор. Шуше был воздвигнут мавзолей.