Стоукс играл в Национальной баскетбольной ассоциации за команду «Рочестер Ройалс» («Цинциннати Ройалс» до 1957 года) с 1955 по 1958 год. В дебютном сезоне набирал в среднем за игру по 16,3 подбора, что позволило ему стать новичком года НБА. В следующем сезоне он установил рекорд лиги по количеству подборов за сезон — 1256 (17,4 за игру). Стоукс играл в матче всех звёзд НБА все 3 года своего пребывания в чемпионате, и был включен во вторую сборную НБА трижды. В сентябре 2004 года был включен в баскетбольный Зал славы.