Мухаммад Абдо родился в 1849 году в крестьянской семье. Еще в раннем детстве его начинают обучать азам грамотности и чтению Корана. В возрасте тринадцати лет его отправили в престижную школу, из которой он впоследствии сбежал и женился. В 1866 году Мухаммад Абдо поступает в ведущее учебное заведение в Каире Аль-Азхар, в котором становится учеником Джамал-ад-дина ал-Афгани — известного философа и реформатора, идеолога панисламизма, выступавшего против европейского колониализма.
После окончания университета Мухаммад Абдо некоторое время преподаёт логику и теологию в Аль-Азхаре, а также является профессором истории в педагогическом колледже Дар аль-Улум и редактором газеты.
За поддержку восстания Араби-паши в 1882 году высылается из Египта на шесть лет, вследствие чего сначала проживает в Ливане, затем во Франции, Великобритании, в которых продолжает свою деятельность, так, в Париже он издаёт анти-британский журнал.
В 1888 году Мухаммад Абдо возвращается в Египет, где начинает карьеру юриста и становится судьёй, а в 1899 году становится муфтием страны. В это время он основывает религиозное общество, становится президентом общества возрождения арабских наук и работает в направлении реформирования аль-Азхара, выдвигая предложения по улучшению обучения в университете.
Мухаммад Абдо умер 11 июля 1905 года.
Ещё после окончания Аль-Азхара Мухаммад Абдо довольно резко выступал против суфизма, хотя и признавал некоторые достоинства учения — нравственное самосовершенствование, обретение внутренней веры, критическое отношение к официальной догматике и др. Будучи в должности директора Департамента печати Египта он запрещает «Мекканские откровения» Ибн аль-Араби, порицает культ святых и чудотворство, считая это мошенничеством.
Был идеологом модернизации всего мусульманского общества. Так известны его фетвы, разрешающие процентные ставки (запрещённые каноническим исламом), о проблемах семьи и брака, о положении женщины.
Важным для мусульманского мира станет его толкование Корана (тафсир) — «Тафсир ал-Манар». Сам Мухаммад Абдо утверждал, что каждой эпохе нужна своя самостоятельная трактовка.