Мухаммед Фарах Айдид родился 15 декабря 1934 года в Беледуэйне, провинции Мудуг, принадлежал к племенной группе хабар гедир, части клана хавийя. Получил военное образование, затем учился в пехотной школе близ Рима. По возвращении на родину стал начальником полиции в Могадишо, а затем начальником штаба в центре военной подготовки. После получения Сомали независимости служил в национальной армии, где впоследствии стал генералом. В 1960—1963 годах проходил курс обучения в Москве.
В годы правления Сиада Барре провёл шесть лет в тюрьме без суда и следствия. Принимал участие в войне с Эфиопией (1977—1978). В 1984 году Сиад Барре назначил Айдида послом в Индии. Однако в 1989 году Мухаммед Фарах Айдид покинул Барре, чтобы выступить с вооружённой оппозицией против его режима.
В конце 1989 года Айдид выступил против президента страны Мухаммеда Сиада Барре и стал одним из лидеров вооружённой оппозиции. Он формирует военное крыло Объединённого сомалийского конгресса (ОСК). При поддержке Эфиопии, Айдид образует альянсы с СНД и другими оппозиционными группами. В результате гражданской войны Барре был свергнут в январе 1991 года. После этого у Айдида возник конфликт с другим лидером повстанцев Али Махди Мухаммедом по поводу того, кто из них должен стать новым президентом страны. Эти привело к возобновлению боевых действий осенью 1991 года. В ходе продолжающейся гражданской войны в Сомали прекратили существование все государственные институты, а также была разрушена практически вся социальная инфраструктура, что привело к голоду, жертвами которого стали порядка 300 тыс. человек.
Попытки ООН оказать гуманитарную помощь Сомали окончились провалом — в условиях всеобщего хаоса в стране гуманитарные колонны часто подвергались разграблению. В декабре 1992 года многонациональные силы под эгидой ООН и во главе с США начали вооружённую интервенцию в Сомали (операция «Возрождение надежды») с целью обеспечить безопасную доставку гуманитарной помощи. После успешного достижения этой цели ООН взяла на себя ответственность за политическое будущее страны, выступив в роли посредника между Айдидом и Мухаммедом. Подозревая ООН в предвзятости и в целом негативно относясь к международному вмешательству во внутренние дела Сомали, Айдид в июне 1993 года организовал серию вооружённых нападений на миротворцев. После этого за его голову было назначено вознаграждение в 25 тыс. долларов. Однако попытки войск ООН найти Айдида заканчивались неудачно. В августе в Сомали прибыли военнослужащие американского спецподразделения «Дельта» и 75-го полка рейнджеров, развернувшие охоту за мятежным лидером боевиков.
3 октября 1993 года спецназ США попал в засаду, организованную Айдидом в Могадишо, что привело к кровопролитному сражению и гибели 19 спецназовцев и миротворцев, а также более 1000 сомалийцев. Эти события получили широкий резонанс в США. В марте 1994 года американские войска были выведены из Сомали, а год спустя страну покинули и остальные силы ООН. Гражданская война в Сомали продолжалась. Об этих событиях впоследствии был снят фильм «Падение «Чёрного ястреба»».
Весной 1995 года войска Айдида были выбиты противником из Беледуэйне. Одновременно с этим усилились противоречия между Айдидом и Османом Ато, ставшим теперь его злейшим врагом. В июне Айдид созвал конференцию по национальному примирению, в ходе которой при поддержке своих сторонников был провозглашен президентом Сомали. В августе Ливия официально признала правительство генерала Айдида. В следующем месяце вооружённые отряды Айдида предприняли наступление на Байдабо.
В апреле 1996 года генерал Айдид переехал из Байдабо в Могадишо. Прибыв в столицу, Мухаммед Фарах Айдид пообещал сомалийцам развернуть масштабную войну против своих противников. В июле его вооружённые части осадили район на юге столицы — Медину, где начались ожесточённые бои с боевиками Али Османа Атто, Муса Суди, Али Махди Мухаммеда и другими. В конце месяца по радиостанции Али Махди поступило сообщение о тяжёлом ранении Айдида в ходе одного из боёв. По официальным данным, 24 июля он получил огнестрельные ранения в плечо и печень во время боя в районе Медины, и как сообщалось позже рана в печени оказалась заражённой. Генерал Айдид скончался в 15:30 по местному времени 1 августа от сердечного приступа, когда его оперировали. Согласно исламским обычаям его похоронили на следующий день после смерти в южной части столицы. Тогда же по радио было передано сообщение, что Айдид скончался от полученных ран. После гибели Айдида роль лидера перешла к его сыну Хусейну Фараху Айдиду, однако его фракция уже никогда не играла большого значения в жизни страны.
Cын Айдида, Хусейн Мухаммед Фарах, долгое время жил в США, получил американское гражданство и служил в Корпусе морской пехоты.