Личное имя писательницы (как и прочих женщин периода Хэйан) нам неизвестно; «Мурасаки Сикибу» — прозвище, составленное из имени одной из главных героинь романа «Гэндзи-моногатари», возлюбленной принца Гэндзи, и должности отца писательницы «сикибу-но дзё». Отец Мурасаки, Фудзивара Тамэтоки, принадлежал к северной ветви рода Фудзивара. Он был известным учёным и поэтом, как и многие его родственники (например, Фудзивара Канэсукэ, один из тридцати шести бессмертных). Мать Мурасаки — дочь Фудзивара Тамэнобу. И мать, и отец принадлежали к средней чиновничьей аристократии.
В 998 г. Мурасаки вышла замуж за Фудзивара Нобутака. В 999 г. у них родилась дочь, Кэнси, в будущем — поэтесса, известная под именем Дайни-но Саммисю. В 1001 г. Фудзивара Нобутака скончался, и Мурасаки оказалась в сложном материальном положении. В 1005 г. она была вынуждена пойти на службу к императрице Сёси, дочери Фудзивара Митинага. Одновременно с Мурасаки на службу во дворец поступили и другие известные поэтессы: Акадзомэ Эмон, Идзуми Сикибу. Это был блестящий двор, при котором часто проводились поэтические турниры. «Дневник» Мурасаки-сикибу относится к жанру дзуйхицу — воспоминания о том, что волновало её, в основном организованные в хронологическом порядке. Но в «Дневнике» есть и пассажи, не поддающиеся временной атрибуции, — рассуждения о людях, окружающих Мурасаки, воспоминания детства. В целом «Дневник» охватывает период с 1008 по 1010 г. В «Дневнике» Мурасаки упоминается Сэй-Сёнагон.
Большинство исследователей полагают, что «Гэндзи-моногатари» написан в 1001—1008 гг. Предположительно в 1013—1014 гг. составлено её личное собрание стихотворений. Поскольку никаких сведений о ней и никаких её стихов позднее 1014 г. не встречается. Вероятно, в то же время она покинула двор. Поэтому большинство исследователей считают 1014 г. годом её смерти.
Считается, что её могила находится с западной стороны от могилы поэта Оно-но-Такамура, у реки Хорикава, севернее современного Киото. В храмах Эндзёдзи, Исияма Хонган-дзи, Дайтокудзи стоят посвящённые Мурасаки Сикибу ступы для приношений.
В честь Мурасаки Сикибу назван кратер на Меркурии.