Мушарафф Хан был женат два раза, первый на Савитри ван Россум дю Шаттель, которая ушла из жизни в Индии в 1946 году; второй раз на Шахзади де Конинг (ум. 30 сентября 1995) с которой он жил в Гааге, до своей кончины в 1967 году.
После ухода Пир-о-Муршида Али Хана в 1958 году, Мушарафф Хан стал Пир-о-муршидом и принял руководство Международным Суфийским Движением. Он остался в памяти мюридов простым, скромным, полным сочувствия ко всем близким, до конца своих дней он являлся источником утешения и надежды.
Сохранилось несколько архивных аудио и видеозаписей, где он показывает различные стили индийской музыки.