Нацумэ родился 9 февраля 1867 в бедной семье старшины одной из общин Эдо (современный Токио). В юности он получил классическое образование и слыл знатоком древней китайской и японской классической поэзии.
Умер Нацумэ 9 декабря 1916 в Токио.
Произведения Нацумэ переведены на английский, болгарский, венгерский, грузинский, китайский, корейский, монгольский, немецкий, польский, румынский, русский, сербохорватский, словацкий, французский и чешский языки.
Также трилогия романов «Сансиро», «Затем», «Врата» переведена и на русский: перевод с японского А. Рябкина, Мск., изд. «Художественная литература», 1973.