Родился в местечке Мир (современная Беларусь) в семье торговца и учёного еврея. Вскоре после тринадцатилетия отец женил сына на дочке раввина Ицхака из Воложина, главы Воложинской иешивы. После смерти тестя иешиву возглавил его старший зять, но после и его смерти в 1853 году Берлина избрали на его место вместе с раввином Йосеф Бером Соловейчиком. Два зятя какое-то время руководили иешивой вместе, однако из-за постоянных разногласий раву Соловейчику пришлось покинуть иешиву и занять пост раввина Брест-Литовска, где он также создал свою иешиву.
Берлин присоединился к сионистскому движению Ховевей Цион с момента его возникновения. Убеждал религиозных евреев последовать своему примеру и поддержать еврейские поселения в Эрец-Исраэль. В 1892 году иешива в Воложине была закрыта властями, а Берлин и его семья высланы. Через 18 месяцев Берлин умер.
Был женат дважды. В первый раз на дочери рава Ицхака из Воложина, а второй раз на своей племяннице, дочери Иехиэля Михла Эпштейна. От первой жены у него родились: сын рав Хаим Берлин, ставший впоследствии главным раввином Москвы, и 3 дочери; от второй жены — Меир Бар-Илан и ещё один сын.
Основные книги написанные Нацивом: