Нагиб Махфуз родился в Каире в 11 декабря 1911 года в семье чиновника, изучал в Каирском университете философию и литературу. В 1934 году закончил философский факультет Каирского университета.
До 1972 года работал госслужащим, вначале в министерстве вакуфов (Ministry of Mortmain Endowments), затем директором по цензуре Бюро искусств, директором Фонда поддержки кино, и наконец — консультантом по делам культуры Министерства культуры.
По египетским меркам Нагиб Махфуз был либеральным автором, и его книги вызывали недовольство исламистов. В 1994 году на писателя напал с ножом фанатик и серьёзно ранил его. После этого происшествия здоровье Махфуза пошатнулось, но он продолжил писать.
Первые произведения Нагиба Махфуза, в которых реалистически изображаются традиционные национальные ценности, публикует в журнале «Аль-маджалла аль-джадида» его редактор, известный египетский журналист Салама Муса. Муса оказал влияние на молодого Махфуза, и когда тот начал писать, говорил: «У тебя есть потенциал, но ты ещё не развил его».
Первый сборник новелл («Шёпот безумия») был опубликован в 1938 году. За ним последовал ряд исторических романов, написанных в романтической манере и посвященных временам правления фараонов.
Европейское признание проза Махфуза получила в конце 1950-х годов после того, как была опубликована его «каирская трилогия» («Бейн ал-Касрейн», «Каср аш-Шоук» и «ас-Суккарийа»). Описывая жизнь трёх поколений каирской семьи, автор отображает социальные и политические события в истории Египта.
В 1960-е годы происходят изменения в творчестве Махфуза. Он тяготеет к малым формам (рассказ) и оставляет больше места символу. Чувство постоянной тревоги и страдания, вызванное эволюцией общества, где человек чувствует себя все более одиноким и покинутым, звучит в таких произведениях: «Вор и собаки» (1961), «Божий мир» (1963), «Перепела и осень» (1964), «Путь» (1964), «Нищий» (1965), «Болтовня над Нилом» (1966), «Таверна чёрной кошки» (1968), «Медовый месяц» (1971).
В общей сложности Махфуз написал около пяти десятков романов и повестей, более сотни рассказов.
Последняя книга писателя была опубликована в 2005 году: им стал сборник рассказов о жизни после смерти «Седьмое небо». Избранные произведения Махфуза, в частности, «Родопис», «Пансионат Мирамар», «Уважаемый господин», выходили на русском языке в серии «Мастера современной прозы» в переводе Валерии Кирпиченко. После смерти писателя на русском языке также вышли романы «Торжество возвышенного» (2008) и «Путешествие Ибн Фаттумы» (2009). С английского был переведен ранний роман «Мудрость Хеопса» (2007).
В 1988 году присуждена Нобелевская премия по литературе «за реализм и богатство оттенков арабского рассказа, который имеет значение для всего человечества».
Более половины его романов было экранизировано. Фильмы пользуются популярностью в арабском мире.
В каирском районе Мухандисин ему установлен прижизненный бронзовый памятник.