София воспитывалась, вместе со своими сёстрами Марией, Еленой, Елизаветой и Анной, в родительском доме в баварском Вильдбад-Кройте. В детстве родителями и друзьями звалась, по собственному признанию, не иначе, как София Баварская. В 1978—1980 годах учится в женской школе-интернате Englischen Fr?ulein (Англичаночек) в Вильдбад-Кройте, затем — в женской реальной школе-интернате замка Хоэнбург в Ленгрисе. В 1984—1988 посещала гимназию Адольф-Вебер в Мюнхене.
После получения среднего образования София продолжает своё обучение в Лондоне, в школе интерьера и дизайна (Inchbald School of Interior Design). Изучала также историю и англистику в католическом университете в Айхштете. В 1993 году она выходит замуж за Алоиза, наследного принца Лихтенштейнского. София является праправнучкой баварского короля Людвига III.
В 2006 году София открывает в австрийском Фельдкирхе организацию помощи беременным женщинам («schwanger.li»), оказывающую содействие в первую очередь оказавшимся в бедственном или тяжёлом положении женщинам.
3 июля 1993 года, в католическом соборе св. Флорина в Вадуце, София обвенчалась с наследным принцем княжества Лихтенштейн Алоизом, сыном князя Лихтеншейна Ханса-Адама II. В этом браке у супругов родились четверо детей:
Согласно правилам этикета, обращением к наследной принцессе Лихтенштейнской Софии является «Ваше Королевское Высочество» (I.K.H.), так как она ведёт своё происхождение от в прошлом правившего в Баварии королевского рода Виттельсбахов и, согласно протоколу, обладает более высоким рангом, нежели её супруг («Его Светлость»).
Как потомок королевского рода Стюартов, принцесса София, в случае смерти её отца Макса и дяди Франца, будет обладать правом наследовать титул королева Англии, Шотландии и Франции и рассматриваться якобитами как полноправная преемница британской короны.