Наталья Щукина родилась 12 сентября 1970 года в Барнауле.
В 1980 году поступила в Театр-студию Вячеслава Спесивцева на Красной Пресне. Дебютировала в кино в 15 лет в картине Рубена Мурадяна «Фотография на память», а уже через 2 года снялась у Эльдара Рязанова в драме «Дорогая Елена Сергеевна». После обучения в студии театрального класса Наталья Щукина начала играть в спектаклях. Среди них самый известный — «Приключения Тома Сойера», где она играла роль Сюзи Гарпер.
В 1992 году она закончила Высшее Театральное училище им. Б. В. Щукина на курсе Ю. И. Авшарова и была принята в труппу театра Ленком, где и по сей день работает. В кино первую главную роль сыграла в 1988 году в драме Эльдара Рязанова «Дорогая Елена Сергеевна».