После окончания школы Нэйт поступил в Публичный колледж Лансинга, где провёл два года, после чего перевёлся в Центральный мичиганский университет. За два года в университете он проявил себя как один из лучших игроков команды. Помимо успехов под кольцом, где он превосходил ростом своих соперников, Хаффман также демонстрировал редкую для центрового способность к дальним броскам. В свой первый сезон в команде он забросил 8 из 15 трёхочковых бросков, а во второй 20 из 47. Хаффман побил командный рекорд по проценту попаданий с игры за карьеру, державшийся десять лет, и оставался лидером по этому показателю в течение следующих шести лет с 58,1% попаданий.
В 1997 году Хаффман, хотя и не был выбран в драфте НБА, заключил договор с командой «Los Angeles Clippers» как свободный агент. Однако в НБА в этом сезоне он так и не попал и провёл год в клубе «Idaho Stampede» в Континентальной баскетбольной лиге, где в среднем набирал 11,2 очка и 7,6 подбора за 25 минут игры.
После года в КБА Хаффман подписал контракт с командой «Фуэнлабрада», выступающей в высшем дивизионе чемпионата Испании. В этом сезоне он в среднем проводил на площадке 28 минут и набирал по 12,7 очка и 8,6 подбора за игру и пробился с командой в плэй-офф.
В 1999 году Хаффман подписал контракт с «Маккаби» (Тель-Авив), лидером израильского баскетбола. Он провёл в клубе три года, завоевав за это время три чемпионских звания и два Кубка Израиля. На международной арене в первый год с «Маккаби» он дошёл до финала Кубка европейских чемпионов, а во второй выиграл Супролигу, один из двух параллельных главных клубных турниров Европы того сезона. В сезоне 2000/1 года Хаффман был признан MVP регулярного сезона Супролиги и самым ценным игроком чемпионата Израиля. Летом 2001 года клуб НБА «San Antonio Spurs» предложил Хаффману контракт на минимальную сумму в 332 тысячи долларов, но он отказался в пользу продолжения контракта с «Маккаби», где получал два миллиона.
По окончании третьего сезона с «Маккаби» Хаффман подписал трёхлетний контракт с командой НБА «Toronto Raptors» на общую сумму в 5,1 миллиона долларов, но провёл в ней только семь игр. В январе клуб объявил о расторжении контракта, обвинив Хаффмана в том, что тот скрыл при подписании травму колена. Хаффман подал судебный иск, который был решён в его пользу: команда была вынуждена выплатить травмированному центровому всю сумму, оговоренную в контракте. После этого Хаффман уже не выступал, хотя сообщалось о его предстоящем возвращении в Европу.