Наум (Нюма) Крупник родился вторым из четверых детей в семье слесаря-наладчика кишинёвского хлебзавода Якова Марковича (Мордковича) Крупника и его жены, кондуктора трамвая Браны (Мани) Исааковны Крупник. Окончил Кишинёвский государственный университет и аспирантуру при нём под руководством профессоров Иосифа Ицковича и Израиля Гохберга (кандидатскую диссертацию защитил в Тбилисском государственном университете в 1964 году). Работал доцентом и заведующим лабораторией на кафедре математического анализа Кишинёвского государственного университета, где в 1987 году защитил докторскую диссертацию.
С 1990 года — профессор отделения математики и компьютерных наук Университета им. Бар-Илана в Рамат-Гане. После выхода на пенсию в 2001 году поселился в Торонто (Канада).
Основные научные работы в области функционального анализа: одномерные и многомерные сингулярные интегральные операторы; конечномерные представления в банаховых алгебрах; формула Гохберга—Крупника для обращения конечных матриц Тёплица.
Сыновья Н.Я. Крупника — математики Марк Наумович Крупник и Илья Наумович Крупник (оба получили Ph.D. по математике в Израиле в 1994 году, последний — под руководством проф. А.С. Маркуса). Старший брат И.Я. Крупника — Михаил Яковлевич Крупник — молдавский экономист, старший научный сотрудник Молдавского научно-исследовательского института научно-технической информации и технически-экономических исследований (НИИНТИ) Госплана МССР, автор монографий «Анализ производственных резервов в лёгкой промышленности Молдавской ССР» (1973), «Технический прогресс и совершенствование производства в лёгкой промышленности МССР» (1976), «Хозяйственный механизм и плановая дисциплина» (1982), «Школа экономики в вопросах и ответах: на примере швейной и трикотажной промышленности» (1989) и других.