Один из активнных сторонников Муссолини. Участник боевых действий в Греции где с 1940 по 1941 командовал 56-й пехотной дивизией "Казале". после поражения Греции переведён в Африку. Занимал командные посты в Северо-Африканском корпусе. В частности в 1941 командир XXI корпуса. После ряда поражений его корпуса, в 1942 г. был отозван в Италию где и служил до свержения Муссолини. В 1943 командовал XIX корпусом. Во время высадки союзников в Италии, сумел скрыться и уйти на Север Италии, где вступил в Итальянскую армию ИСР, занимал пост начальника Центра подготовки частей особого назначения.
Энеа Наварини - один из немногих итальянцев, награждённых орденом Немецкого креста (в золоте) - 21.12.1942