Из сочинений Фаворова особенно известны «Очерки нравственного православно-христианского учения» и «Очерки догматического православно-христианского учения»; и те, и другие выдержали по восьми изданий.
К тому же разряду следует отнести его «Чтения о догматических истинах православно-христианской веры» (Киев, 1882, 1890).
Другие труды Фаворова: «Собрание проповедей» (Киев, 1887), «Руководство к церковному собеседованию или гомилетика» (пять изданий) и ряд статей в «Трудах Киевской Духовной Академии» и «Воскресном Чтении».
См. брошюру: «Протоиерей Назарий Антонович Фаворов» (Киев, 1897) и «Церковные Ведомости», 1897, № 3.