Родился в семье рабочего, трудившегося на заводе им. В.В. Куйбышева. В 1956 году поступил, а в 1962 году окончил санитарно-гигиенический факультет Иркутского государственного медицинского института и был зачислен в аспирантурыупри кафедре общей гигиены, которой руководил учёный с мировым именем – профессор Яков Михайлович Грушко. Уже в студенческие годы М.И. Некипелов был хорошо известен профессору, т.к. с 1 по 6 курсы был активистом студенческого научного кружка кафедры общей гигиены, имел почётные грамоты за выполненные по линии Студенческого научного общества им. И.И. Мечникова работы.
В 1966 году под руководством профессора Я.М. Грушко успешно защитил диссертацию на соискание учёной степени кандидата медицинских наук «Материалы к вопросу допустимости концентрации азотнокислого алюминия в водоёмах». Актуальность и новизна этой работы были обусловлены тем, что соли азотной кислоты, к которым относится нитрат алюминия, находят широкое применение в различных отраслях народного хозяйства и в больших количествах сбрасываются с промышленными стоками в чистые реки, озёра и водохранилища, создавая угрозу для здоровья населения и обитателей водоёмов (рыб и мелких водных организмов). Соискатель экспериментально доказал токсичность нитрата алюминия и нитратов других металлов для водных организмов и теплокровныхживотных, обосновав необходимость их регламентации в открытых водоёмах и питьевой воде. Результаты работ были опубликованы в «Бюллетене Московского общества испытателей природы», «Зоологическом журнале», издательства АН СССР, «Гигиене и санитарии» и в других изданиях, на которые имеются многочисленные ссылки в зарубежной и отечественной литературе. С 1966 по 1994 годы, т.е. 28 лет, без центральной и местной докторантуры работал над выполнением докторской диссертации «Гигиенический и психофизиологический анализ закономерностей формирования и охраны здоровья студентов в Сибири» при научном консультировании профессоров М.Ф. Савченкова и Ю.А. Горяева. Актуальность и новизна работы состоит в том, что рост заболеваемости студентов, связанный с информационной перегрузкой, перенапряжением, переутомлением ЦНС, прогрессивное развитие проспективного и донозологического направлений в медицине привели к возникновению комплексной проблемы гигиенического и психофизиологического обоснования охраны здоровья студентов на ранних стадиях его нарушения. Автором на основе результатов экспериментальных исследований доказано, что быстрое приспособление студентов к умственной нагрузке одного и того же вида, одной и той же информационной сложности реализуется селективно с помощью триады срочных эмоциональных реакций типа «тренировка-активация-стресс», каждая из которых интегрально отражает степень их индивидуальной адаптации к среде и нагрузке на данный текущий момент: при удовлетворительной адаптации организм отвечает реакцией тренировки, при напряжении механизмов адаптации – реакцией активации, при неудовлетворительной адаптации – реакцией стресс, при срыве адаптации –ареактивностью. Разработанные автором теоретические положения и выявленные гигиенические и психофизиологические закономерности открывают новые перспективы в повышении эффективности умственного труда, охране интеллектуального здоровья студентов и должны учитываться при решении вопросов оптимизации вузовского обучения в различных регионах страны.
После защиты докторской диссертации научная деятельность М.И. Некипелова также была посвящена комплексным проблема гигиены, психогигиены, психофизиологии с публикацией работы в журналах Российской академии естествознания («Современные наукоёмкие технологии», «Фундаментальные исследования», «Современные проблемы науки и образования», «Успехи современного естествознания»). По всем изучаемым проблемам опубликовано более 200 научных и учебно-методических работ.
В 1965 году был принят на должность ассистента кафедры общей гигиены, позднее стал доцентом этой же кафедры, а в 1995 году – профессором. В 70-80-е годы XX века неоднократно избирался секретарём партийной организации санитарно-гигиенического факультета ИГМИ, председателем Иркутского отделения Всероссийского общества гигиенистов и санитарных врачей. В эти же годы по приказу Минздрава РСФСР выезжал в Свердловский, Кемеровский и Башкирский медицинские институты в качестве председателя государственной экзаменационной комиссии на выпускных курсах санитарно-гигиенического факультета.
В 1976-1981 годах он являлся одним из руководителей республиканской комплексной темы по научной организации учебного процесса (тема НОУП №3) «Разработка оптимальных психофизиологических и санитарно-гигиенических условий обучения», в этот же период он заведовал специально созданной психофизиологической лабораторией ИГМИ. Является разработчиком психофизиологического направления в гигиене, докладчик на Всесоюзных и республиканских Съездах гигиенистов, Международных, Всесоюзных и Всероссийских научных конференциях. С 1979 по 1981 годы член проблемной комиссии Всесоюзного значения «Научные основы гигиены окружающей среды» (секция гигиены физических факторов). В настоящее время член проблемной комиссии «Социально-гигиенические, природно-климатические факторы и здоровье населения Восточной Сибири, экологическая перинатология и педиатрия», а также член диссертационного совета при ИГМУ по специальности 14.00.07 – гигиена, член учёного совета, методического совета медико-профилактического факультета ИГМУ.
Награждён знаком «Отличник здравоохранения», медалью «Ветеран труда», почётными грамотами Главного управления учебных заведений, проблемной комиссии по Научным основам организации учебного процесса при ГУ НИИ и КНИ Минздрава РСФСР (1980), а также тремя дипломами первой степени от Областного отдела народного образования (1977), Института усовершенствования учителей (1982), Областного отделения педагогического общества РСФСР и ИГУ (1984),знаком ИГМИ «Ударник коммунистического труда» (1977). В 2004 году за большой вклад в развитие современной науки профессор М.И. Некипелов был избран действительным членом Российской академии естествознания.
Кроме того, Михаил Иннокентьевич известен в ВУЗе и за его пределами как автор многочисленных стихов, отличающихся глубокой проникновенностью и простотой. Часть из них публиковалась в газете "Медик", юбилейном сборнике ИГМУ и сборниках «Наука и поэзия», «Венок из мыслей». В текущем году он планирует выпустить первую книжку сборника стихов «Энциклопедия житейской мудрости от А до Я».