Вальдес воспитывался в деревне Сан-Хоакин, в возрасте 15-ти лет он пришёл в клуб второго парагвайского дивизиона «Атлетико Тембетари», так как юноше негде было спать в городе, где базировался клуб (заработки в команде были чрезвычайно низкие), то он 2 года ночевал под трибунами стадиона. Чтобы не замёрзнуть ночами, Вальдес потреблял Канью, спиртосодержащий напиток из сахарного тростника, чрезвычайно популярный у бедных слоёв населения Парагвая, по его собственным словам он находился перед угрозой алкоголизма, но смог перебороть недуг и стать игроком основы команды, а в 18 лет Вальдес перешёл в немецкий клуб «Вердер», где первоначально играл во второй команде в региональной любительской лиге. Затем, начиная с сезона 2003/2004, Вальдес уже играл в основе клуба, правда высокой результативностью не отличался, в те годы в «Вердере» забивали другие — Мирослав Клозе и Иван Класнич.
1 июля 2006 года Вальдес, который проигрывал конкуренцию в составе Класничу, перешёл в дортмундскую «Боруссию» за 4,5 миллиона евро, подписав контракт с клубом до 2010 года. В первый сезон в «Боруссии» Вальдес играл регулярно, но отличился лишь раз, забив гол в 32-м туре «Вольфсбургу».
2 марта 2009 года в прессе появилось сообщение о том, что Вальдес подписал предварительное соглашение о переходе в московский «Спартак», сумма сделки оценивалась в 3 миллиона евро. Генеральный директор клуба Валерий Карпин опроверг эту информацию, добавив, что вообще не знает такого игрока, и что руководство «Спартака» никогда не рассматривало возможность его трансфера. Сообщалось также, что в услугах Вальдеса заинтересован другой российский клуб ЦСКА и турецкий «Фенербахче».
В июле 2010 года Вальдес захотел покинуть Германию, где выступал 9 лет. 17 августа он перешёл в клуб «Эркулес» из Аликанте. В нём он составил дуэт нападения вместе с Давидом Трезеге. За клуб парагваец провёл 25 матчей, в которых забил 8 голов, однако это не помогло команде, занявшей предпоследнее место в чемпионате и вылетевшей в Сегунду.
Летом 2011 года Вальдесом заинтересовался казанский «Рубин». 14 августа российский клуб достиг договорённости о перехода футболиста. Контракт подписан сроком на 3 года. В матче 2-го тура группового этапа Лиги Европы 2011/12 забил свой первой гол в составе «Рубина», на 52-й минуте Вальдес поразил ворота греческого ПАОКа, сделав счёт 1:1, в итоге матч завершился ничьей — 2:2.
Уехав и начав получать хорошие деньги в Европе, Вальдес не порвал связь с родиной, он поддерживает находящихся там своих родителей материально, но вместе с тем беспокоится о них, ведь в Парагвае участились похищения родственников богатых футболистов ради выкупа. Вальдес ежемесячно перечисляет 8 285 фунтов стерлингов на родину, в деревню Сан-Хоакин, и посылает полторы тысячи подарков для детей на каждое Рождество, таким образом даря людям радости, которых был лишен когда-то сам. Известно, что однажды Вальдес с оружием защитил собственный автомобиль от угонщиков, и не побоялся зайти в пылающий дом, чтобы спасти свою собаку.