Никита Алексеевич Шабалкин родился 9 октября 1986 года во Владикавказе РСФСР СССР. Баскетболом Никита Шабалкин начал заниматься в Минеральных водах. Затем последовал переход в баскетбольную школу СДЮШОР «Тринта» (Москва) по окончании которой, он начал выступать за молодежную команду ПБК ЦСКА (Москва).
В период с 2004 по 2007 годы Никита Шабалкин выступал за ЦСК ВВС (Самара) и ПБК ЦСКА (Москва). Зимой 2007 года ПБК ЦСКА (Москва) уступили права на него Химкам в счет перехода Оскара Торреса в армейский клуб.
По окончании сезона 2006/2007 Никита Шабалкин сначала выставил себя на Драфт НБА, но чуть позже снял свою заявку.
Затем последовала победа на Чемпионате Европы по баскетболу 2007 года в составе Сборной России по баскетболу.
После Чемпионата Европы по баскетболу 2007 года стал выступать за Химки. Летом 2009 года Никита Шабалкин выступал на Всемирных Студенческих Игр в Белграде.
Никита Шабалкин на правах аренды перешел в Триумф по окончании сезона 2008/2009. Сезон 2009/2010 сезон у Шабалкина не задался из-за травмы.
В июле 2010 года подписал контракт с московским «Динамо» на 2 года.
В июле 2011 года стал игроком «Локомотив-Кубань».