Был священником в Суздале; при патриархе Иосифе участвовал в исправлении и печатании церковных книг, вместе с протопопом Аввакумом, Лазарем, Стефаном и др. Напечатанные им книги подверглись при Никоне новому исправлению.
В 1659 году прибыл в Москву и подал на своего архиепископа Стефана донос об уклонении от православия. Оправданный по следствию Стефан отрешил Никиту от места и грамоту об этом велел дьяку читать публично; Никита изорвал грамоту, избил дьяка, проклял Стефана и снова послал государю челобитную, с подробнейшей «росписью» преступлений архиепископа. На этот раз и свидетели подтвердили многие показания Никиты, и сам Стефан, вызванный в Москву, на Соборе 1660 года во многом сознался, за что и был переведён из Суздаля в Москву, «для архиерейских священнослужений». Тем не менее, Собор не освободил Никиту от прещений, наложенных на него Стефаном.
Находясь под запрещением, принялся за составление «Челобитной», которая была окончена в конце 1665 года. Узнав о её существовании на допросе благовещенского диакона Федора Иванова, правительство озаботилось её конфискацией, со всеми подготовленными списками, и поручило написать на неё опровержение газскому митр. Паисию Лигариду и Симеону Полоцкому. Первый, как незнакомый со славянским языком, читал её, вероятно, только в латинском переводе Симеона Полоцкого и составил против неё 31 «отражение». В свою очередь и Полоцкий, несомненно, руководствуясь «отражениями», написал «Жезл Правления», где рассматриваются взгляды Никиты в 30 «возобличениях». Мнение Симеона было всецело принято Собором 1666 года, на котором была прочитана, в присутствии самого автора, «Челобитная», с возражениями на неё, и сделаны попытки к вразумлению Никиты. Последний не только остался непреклонным, но в бранных словах уличал архиереев в невежестве. Тогда было решено предать Никиту отлучению от Церкви и заточить в темницу Угрешского Николаевского монастыря.
В челобитных к государю и к Собору, просил о прощении и 26 августа 1667 года, по приказу царя, был освобождён и привезён в Москву, без возвращения сана. С тех пор до 1682 года о нём ничего не известно. В том году сторонники старого обряда, по смерти Феодора Алексеевича, задумали, опираясь на стрельцов, восстановить «древлее благочестие». Главный агитатор в пользу восстания князь Хованский избрал Никиту, который добился назначения «прений о вере» в Грановитой Палате, в присутствии царственных особ. На прениях, проходиших 5 июля и ведшихся «раскольниками» с большим ожесточением, не пришли ни к какому результату. Выйдя из Грановитой палаты, Никита и другие громко провозглашали свою победу. Царевна Софья на следующее утро приказала схватить их: Никита был казнён на Лобном месте, а его соратники разосланы по монастырям, откуда некоторым удалось бежать.
Сохранилось предание, что сторонники старого обряда тотчас после казни собрали останки Никиты и похоронили их в Гжатске Смоленской губернии.
Старообрядцы признают Никиту «столпом правоверия», православные иерархи отзывались о нём как о грубом, вредном и невежественном (Пустосвят) расколоучителе. Последующие исследователи (напр. арх. Никанор, в «Описании раскольнич. соч.») также долго видели в нём лишь «невежественного раскольника». Происходило это оттого, что с «Челобитной» знакомились лишь по тем выдержкам, какие заключались в «Изобличениях» Симеона Полоцкого. Только профессор Субботин, издавший её впервые в полном виде (в «Материалах для истории раскола» т. IV), показал, что она богата содержанием; обвинения против церкви изложены тщательно и искусно, и автор по начитанности, находчивости и способности излагать мысли простым и ясным языком может занять место среди раскольничьих писателей наряду с протопопом Аввакумом и дьяконом Федором Ивановым. Некоторые несомненные следы непонимания и искажения никоновского текста объясняются, по мнению проф. Субботина, распространенным среди сторонников старого обряда стремлением найти у противников ересь. Симеон Полоцкий пользовался только чистовой «челобитной», которая была неокончена.