Родился в семье болгарского национал-революционера Ивана (Йонко) Вапцарова. В 1924 году поступил в гимназию в Разлоге. В 1926 году поступил в морское техническое училище в Варне, которое окончил в 1932 году. Служил на судне «Бургас», вместе с которым посетил Истамбул, Александрию, Бейрут и Порт-Саид. По возвращении начал работать на фабрике, организовал любительский театр и вступил в БКП.
В 1936 году в результате аварии на производстве был уволен и переехал в Софию. Работает техником на различных заводах, кочегаром на железной дороге и начинает писать стихи. Стал одним из создателей и активнейшим деятелем Кружка македонских поэтов (1938). Вёл агитацию и сбор подписей для заключения советско-болгарского договора о дружбе и взаимопомощи, за что был судим по закону о защите государства и сослан в городе Годеч. Там он был должен подписываться в полицейском участке каждый день. Ему было запрещено разговаривать по телефону, а его корреспонденция перлюстрировалась. Его знаменитое стихотворение «Крестьянская хроника», которое он написал специально для Соболевской акций, было представлено на суде как улика. Оно закончивалась стихом:
После нападения Германии на СССР ушёл в подполье, где занимался проведением минно-подрывных курсов, транспортировкой и хранением оружия, организацией явок и продолжал писать антифашистские произведения. Арестован 4 марта 1942 г., подвергся пыткам и расстрелян в числе 12 антифашистов (Антон Иванов, Антон Попов, Атанас Романов, Петр Богданов, Георги Минчев и др.) 23 июля по приговору трибунала. В 1952 году Никола Вапцаров посмертно получил награду Международного Союза Мира.