Скончался в Москве 4 августа 1922 года. Вместе с супругой и двумя дочерьми погребен на Введенском кладбище.
По другим данным дожил до глубокой старости (скончался в 1934 г.) в крымском селе Михайловка, где одно время учительствовал в школе.
В начале осени 1904 года некоторые адмиралы заговорили о слабости 2-й эскадры Тихого океана, которая уже шла на юг вдоль берегов Африки. О том же говорилось в статьях капитана 2-го ранга Н. Л. Кладо, которые стала публиковать газета «Новое время». Все это создало эмоциональный фон, подтолкнувший Морское ведомство к решению усилить эскадру З. П. Рожественского кораблями Балтийского флота. 11 октября на совещании под руководством генерал-адмирала было принято решение составить эскадру из двух эшелонов:
Снаряжение 3-й эскадры началось только в декабре 1904 года, когда корабли 1-го эшелона уже успели уйти на зимовку в Кронштадт и списать на берег часть личного состава. В результате авральной подготовки часть матросов не попала на свои корабли, а часть экипажа была укомплектована неопытными призывниками.
Отряд Небогатова покинул Либаву 3 февраля 1905 года, 19 февраля прошёл Гибралтарский пролив, 12-13 марта прошёл Суэцкий канал и 26 апреля соединился с основными силами эскадры близ Сингапура.
Особое присутствие военно-морского суда Кронштадтского порта 11 декабря 1906 года признало виновными «бывшего контр-адмирала, а ныне дворянина Н. И. Небогатова» в том, что 15 мая 1905 года в Японском море, будучи после боя настигнут и окружен неприятельской эскадрой, выслушав от флаг-капитана Кросса мнение командира броненосца «Император Николай I» о необходимости сдаться, приказал поднять сигнал о сдаче, спустить Андреевский и поднять японский флаг, имея возможность продолжать бой. Небогатов вместе с командирами сдавшихся броненосцев Смирновым, Григорьевым и Лишиным был приговорен судом к смертной казни, но, «во внимание к долговременной безупречной их службе и крайнему утомлению, в котором они находились после блестяще исполненного исключительного перехода», суд постановил ходатайствовать перед императором о замене для них смертной казни заключением в крепость на 10 лет, причем дальнейшую участь подсудимых представить на Монаршее милосердие.
В итоге «Всемилостивейше повелено: согласно ходатайству особого присутствия кронштадтского военно-морского суда, осужденных по делу о сдаче 15 мая 1905 года неприятелю броненосцев „Император Николай I“, „Орел“, „Адмирал Сенявин“ и „Генерал-адмирал Апраксин“ бывшего контр-адмирала, дворянина Небогатова и бывших капитанов 1 ранга дворян: Смирнова, Григорьева и Лишина взамен определенной им судом смертной казни без лишения прав состояния подвергнуть заточению в крепости на Десять лет каждого с последствиями, указанными в 16 статье Военно-морского устава о наказаниях».
Отбыв 2 года, Небогатов был освобождён по приказу императора Николая II, ввиду плохого состояния здоровья.
Жена Надежда Петрова
Дети: