Сибирцев родился в Архангельске, окончил там духовную семинарию, в 1878—1882 обучался в Петербургском университете, проходя специализацию по геологии у А. А. Иностранцева и В. В. Докучаева.
В 1882—1886 принимал активнейшее участие в Нижегородской экспедиции под руководством Докучаева. Итогом этой работы стала монография «Химический состав растительно-наземных почв Нижегородской губернии».
В 1885—1892 Сибирцев заведовал созданным им естественноисторическим музеем в Нижнем Новгороде, исследовал почвы Нижегородской, Владимирской, Рязанской и Костромской губерний. В 1892 он участвовал в «Особой экспедиции Лесного департамента по испытанию и учёту различных способов и приёмов лесного и водного хозяйства в степях России», которой руководил Докучаев.
В 1895 выходит в свет работа Сибирцева «Об основаниях генетической классификации почв», где он подробно разбирает и даёт детальную характеристику классификации почв Докучаева (1886), а также рассматривает идеи Гильгарда и Р. В. Ризоположенского. При этом климатические подходы к генезису почв Гильгарда по мнению Сибирцева невыгодно отличаются от пятифакторной модели Докучаева.
Разрабатывая классификацию почв, Сибирцев разделяет их на три отдела (зональных, интразональных и неполных), а в 1897 даёт ей вид таблицы и впервые выделяет подтипы почв (например, для чернозёмов подтипами были тучные, обыкновенные и тёмно-шоколадные). Эта классификация была приведена в статье «Почвы» Энциклопедического словаря Брокгауза и Евфрона и в дальнейшем легла в основу современных классификаций.
В 1898 Сибирцев издал «Схематическую почвенную карту Европейской России» с масштабом 240 вёрст в 1 дюйме, которая стала первой картой, составленной с позиций генетического почвоведения. В 1901, уже после смерти Сибирцева, вышла в свет новая карта с масштабом 60 вёрст в 1 дюйме (1: 2520000), которую он составлял вместе с А. Р. Ферхминым и Г. И.Танфильевым. Почвенных карт такого масштаба не было со времён карты В. И. Чаславского (1873—1879).
Большое значение имели работы Сибирцева по методологии научных работ в области почвоведения. Здесь можно назвать его «Программу исследования почв» (1896).
В 1892 году Докучаев становится директором Новоалександрийского института сельского хозяйства и лесоводства, а в 1894 он организует в его составе кафедру «почвоведения с ближайшими к нему отделами геологии», на должность заведующего которой он приглашает Сибирцева. Тот с большим энтузиазмом принялся за работу. Из стен Новой Александрии в годы работы там Сибирцева вышли такие почвоведы как Н. А. Димо, И. А. Шульга, А. М. Панков, Г. М. Тумин, А. И. Набоких, Н. И. Прохоров, Д. П. Гедеванишвили, Т. П. Гордеев.
Большим событием в истории почвоведения стало издание учебника Сибирцева, объёмом 35 печатных листов, обобщившим все исследования за 20-25 последних лет. В книге подробно излагались исследования и взгляды Докучаева, Костычев, Глинки, Гильгарда, Тэера, Вольни и др.. Учебник переиздавался 4 раза уже после смерти Сибирцева: в 1901, 1909, 1914 и 1951; в 1907 был издан на польском языке.